Phylip Een pakket van programma's voor het afleiden van fylogenies
Download nu

Phylip Rangschikking & Samenvatting

Phylip Tags

evolutionaire boom spaarzaamheid fylogenie

Phylip Beschrijving

Het Phylogeny-inferentiepakket (Phylip) is een pakket van programma's voor het afleiden van evolutionaire bomen (fylogenies). Methoden die beschikbaar zijn in het pakket omvatten parmsimonie, afstandsmatrix en waarschijnlijkheidsmethoden, waaronder bootstrapping en consensusbomen. Gegevensoorten die kunnen worden behandeld, omvatten moleculaire sequenties, genfrequenties, restrictieplaatsen en fragmenten, afstandsmatrices en discrete karakters. De programma's worden gecontroleerd via een menu, wat de gebruikers vraagt welke opties ze willen instellen, en stelt ze in staat om de berekening te starten. De gegevens worden in het programma uitgesproken vanuit een tekstbestand, dat de gebruiker kan voorbereiden met behulp van enig woordprocessor of teksteditor (maar het is belangrijk dat dit tekstbestand niet in het speciale formaat van dat woordprocessor zit - het moet in plaats daarvan in plaats daarvan zijn "Vlak ASCII" of "Tekst alleen" -indeling). Sommige sequentie-analyse-programma's zoals het Clustalw-uitlijnprogramma kunnen gegevensbestanden in het Phylip-formaat schrijven. De meeste programma's zoeken naar de gegevens in een bestand met de naam "Infile" - als ze dit bestand niet vinden, vragen ze dan de gebruiker om de bestandsnaam van het gegevensbestand in te voeren. Uitgang is geschreven op speciale bestanden met namen zoals "Outfile" en "Outree". Bomen die op "Outree" zijn geschreven, staan in het Newick-formaat, een informele norm overeengekomen in 1986 door auteurs van een aantal grote fylogeny-pakketten. Download Phylip en probeer het proberen om zijn mogelijkheden volledig te beoordelen!

Phylip Gerelateerde software