Bio :: Taxon BIO :: TAXON is een knooppunt in een vertegenwoordigde taxonomie.
Download nu

Bio :: Taxon Rangschikking & Samenvatting

Bio :: Taxon Tags

Perl-module bio vertegenwoordigde taxonomie Bio taxon vertegenwoordigd taxonomie

Bio :: Taxon Beschrijving

Bio :: Taxon is een knooppunt in een vertegenwoordigde taxonomie. Bio :: taxon een knooppunt in een voorgesteld taxonomy.SYNOPSIS gebruik bio :: Taxon; # Normaal gesproken krijgt u een Taxon krijgen van een Bio :: DB :: Taxonomie object # maar hier is hoe je initialiseren één my $ taxon = new Bio :: Taxon (-name => $ name, -id => $ id, - rank => $ rang, -Division => $ div); # Haal een uit een database mijn $ dbh = new Bio :: DB :: Taxonomie (-source => 'flatfile', -directory => '/ tmp', -nodesfile => '/path/to/nodes.dmp' , -namesfile => '/path/to/names.dmp'); mijn $ menselijk = $ dbh-> get_taxon (-name => 'Homo sapiens'); $ Menselijk = $ dbh-> get_taxon (-taxonid => '9606'); afdrukken "id", $ mens-> id, "n"; # 9606 print "rang is", $ mens-> rang, "n"; # Soorten afdrukken "wetenschappelijke naam is", $ mens-> scientific_name, "n"; # Homo sapiens print "divisie", $ mens-> divisie, "n"; # Primates mijn $ muis = $ dbh-> get_taxon (-name => 'Mus musculus'); # U kunt snel uw eigen lijnen met de lijst databank mijn @ranks = qw (superkingdom klasse geslacht soorten) te maken; mijn @h_lineage = ( 'Eukaryota', 'Mammalia', 'Homo', 'Homo sapiens'); mijn $ list_dbh = new Bio :: DB :: Taxonomie (-source => 'list', -namen => @h_lineage, -ranks => @ranks); $ Menselijk = $ list_dbh-> get_taxon (-name => 'Homo sapiens'); mijn @names = $ mens-> common_names; # @Names is leeg $ mens-> common_names ( 'vrouw'); @names = $ mens-> common_names; # @Names bevat vrouw # U kunt overschakelen naar een andere database wanneer u meer informatie nodig hebt mijn $ entrez_dbh = new Bio :: Db :: Taxonomie (-source => 'entrez'); $ Mens-> db_handle ($ entrez_dbh); @names = $ mens-> common_names; # @Names bevat vrouw, mens, man # Sinds Bio :: Taxon werktuigen Bio :: Tree :: Node ID, hebben we toegang tot de # methoden (en kan handmatig onze eigen taxa en taxonomie maken zonder het gebruik # van elke database) mijn $ homo = $ mens-> voorouder; # Hoewel wees voorzichtig met each_Descendent - tenzij je add_Descendent () # jezelf, zul je geen antwoord krijgen, omdat in tegenstelling tot voorouder (), Bio :: Taxon # niet de database vragen voor het antwoord. U kunt vragen de database zelf # met behulp van dezelfde methode: ($ menselijk) = $ homo-> db_handle-> each_Descendent ($ homo); # Wij kunnen ook profiteren van Bio :: Tree :: Boom * methoden: # a) een aantal methoden zijn beschikbaar met slechts een lege boom object gebruik Bio :: Tree :: Boom; mijn $ tree_functions = new Bio :: Tree :: Boom (); mijn @lineage = $ tree_functions-> get_lineage_nodes ($ mens); mijn $ lca = $ tree_functions-> get_lca ($ mens, $ muis); # B) voor andere methoden, een boom te creëren met behulp van uw Taxon bezwaar mijn $ tree = new Bio :: Tree :: Boom (-node => $ mens); mijn @taxa = $ boom-> get_nodes; $ Homo = $ boom-> find_node (-rank => 'geslacht'); # Normaal gesproken kun je niet de LCA van een list-databank afgeleid Taxon en een # entrez of flatfile afgeleide één omdat de twee verschillende databases kan # hebben verschillende wortels en verschillende aantallen rangen tussen de wortel en de # taxa van belang. Om dit op te lossen, maak een boom van de Taxon met de meer # gedetailleerde afstamming en splice alles uit de taxa die niet zal worden in de lijn van # uw andere Taxon: mijn $ entrez_mouse = $ entrez_dbh-> get_taxon (-name => 'Mus musculus); mijn $ list_human = $ list_dbh-> get_taxon (-name => 'Homo sapiens'); mijn $ mouse_tree = nieuwe Bio :: Tree :: Boom (-node => $ entrez_mouse); $ Mouse_tree-> splice (-keep_rank => @ranks); $ Lca = $ mouse_tree-> get_lca ($ entrez_mouse, $ list_human); Vereisten: · Perl

Bio :: Taxon Gerelateerde software