Copasi Een tool voor simulatie en modellering van biochemische netwerken.
Download nu

Copasi Rangschikking & Samenvatting

Copasi Tags

simulatie netwerken biochemisch biochemische netwerken modelleren Kinetische vergelijkingen

Copasi Beschrijving

Een hulpmiddel voor simulatie en modellering van biochemische netwerken. Copasi is een hulpmiddel voor simulatie en modellering van biochemische netwerken. Het softwarepakket heeft een GUI waarmee gebruikers biochemische netwerkmodellen kunnen definiëren door chemische reacties en kinetische vergelijkingen in te voeren. Een krachtige simulatie-motor kan vervolgens simulaties van de dynamiek van de netwerken uitvoeren en veel verschillende computationele analyses uitvoeren. Copasi kan dynamiek simuleren met behulp van een ode-aanpak of een stochastische chemische kinetiekbenadering (algoritmen van Gillespie-type). Hier zijn enkele belangrijke kenmerken van "Copasi": Model: · Chemisch reactienetwerk. · Arbitraire kinetische functies. · Odes voor compartimenten, soorten en wereldwijde hoeveelheden. · Opdrachten voor compartimenten, soorten en wereldwijde hoeveelheden. · Eerste opdrachten voor compartimenten, soorten en wereldwijde hoeveelheden. Analyse: · Stochastische en deterministische tijdcursussimulatie · Steady-state-analyse (inclusief stabiliteit). · Metabolische controleanalyse / gevoeligheidsanalyse. · Elementaire modusanalyse. · Massa-instandhoudingsanalyse. · Berekening van Lyapunov-exponenten. · Parametercans. · Optimalisatie van arbitraire objectieve functies. · Parameterschatting met behulp van gegevens van tijdcursus en / of stabiele staatsexperimenten gelijktijdig. · Grafische gebruikersinterface (Copasiui) · Schuifregelaars voor interactieve parameterwijzigingen. · Percelen en histogrammen. · Opdrachtregel (Copasise) voor batchverwerking. · SBML import (L1V1 + 2, L2V1-3) en export (L1V2, L2V1-3). · Laden van Gepasi-bestanden. · Exporteren naar Berkeley Madonna, XPPAUT en C-broncode van het Ode-systeem gegenereerd uit het model. · Versies voor MS Windows, Linux, Mac OS X en Solaris SPARC. Wat is er nieuw in deze release: · Nieuwe functies · Er zijn geen nieuwe functies in deze release. Dit is een bugfix-release voor Copasi 4.3 (build 25) · Bugfixes · Grafische gebruikersinterface (Copasiui) · Initiële expressie Afhankelijk van alleen op vaste numerieke waarden worden nu correct bijgewerkt. · Vast probleem dat kan leiden tot een crash bij het uitvoeren van de massa-instandhoudingsaak. · Vaste crash in het dialoogvenster voor het specificeren van de experimentele gegevens van de parameterschatting die plaatsvonden in zeldzame gevallen. · Probleem verholpen waarbij knippen en plakken van wiskundige uitdrukkingen voor GDV opdrachten en de eerste opdrachten kan leiden tot valse resultaten na het plegen van de gegevens. · Simulation Engine · Vaste mogelijke crash MCA berekening die kan optreden als de modelsoort type ODE of opdracht bevat. · SBML · Vaste meervoudig gebruik van dezelfde Sid in SBML export. Dit probleem vonden plaats toen het model is eerder van SBML ingevoerd. · De constante vlag wordt nu correct ingesteld als een species wordt veranderd van constant bepaald door reacties in COPASI. Dit probleem vonden plaats toen het model is eerder van SBML ingevoerd. Wat is er nieuw in deze release: · Bugfixes.

Copasi Gerelateerde software