Dawgpaws Een reeks opdrachtregelprogramma's geschreven in PERL die annotatie van genen en transponeerbare elementen in plantengenomen versnelt
Download nu

Dawgpaws Rangschikking & Samenvatting

Dawgpaws Tags

annotatie gen gen annotatie Transposable elementen plant fabriek omzettelijk

Dawgpaws Beschrijving

Een pakket command line programma geschreven in Perl dat annotatie van genen en transposons versnelt in plantengenomen De scripts in DAWGPAWS suite zijn ontworpen om hoge doorvoer generatie rekenresultaten Als geneDAWGPAWS vergemakkelijken is een reeks van scripts geschreven in Perl die desinged een Distributed aantekening Working Group (DAWG) helpen bij de sequentie annotatie BAC contigs formaat. Aangezien dit softwarepakket aanvankelijk geschreven annoteren willekeurige steekproef tarwe BACs, wordt aangeduid als een pijpleiding naar Annoate Wheat Sequnces (PAWS). Hoewel deze programma's oorspronkelijk werden ontwikkeld voor tarwe, kan de scripts worden toegepast op bijna alle eukaryote sequentie annoation pipeline.The scripts in DAWGPAWS suite zijn ontworpen om hoge doorvoer generatie rekenresultaten vergemakkelijken voor zowel gen annotatie en transponeerbaar element annotatie behulp van een aantal bestaande sequentie annotatie programma. Deze resultaten worden omgezet van de oorspronkelijke productie van de individuele annotatie programma's om de standaard GFF bestandsformaat. Aangezien een GFF bestand een tab eenvoudige delmited tekstbestand, verschillende rekenresultaten voor een enkele sequentie kan gemakkelijk aan elkaar samengevoegd worden met standaardtekst maninpulation hulpmiddelen zoals katten; het bewijs dat katten en dawgs goed samen kunnen spelen. DAWGPAWS biedt extra tools waarmee u te vergemakkelijken met behulp van de Apollo genoomannotatie Curation Tool voor visualisatie en curatie van de computationele results.Usage van DAWGPAWS is door middel van een reeks van command line programma's. Een command line interface werd gekozen omdat deze programma's meestal op afstand zal worden uitgevoerd op hoge preformance machines draaien van een versie van het Unix / Linux besturingssysteem. Aangezien een command line inteface is voor alle programma's zijn geschreven, is er geen speciale kennis van Perl vereist om deze suite te gebruiken. Echter, omdat sommige van de Perl-scripts afhankelijk is van externe Perl modules, een praktische kennis van Perl zal nuttig zijn bij het installeren van DAWGPAWS.How In Cite DAWGPAWSA manuscript is ingediend waarin de DAWGPAWS programma. Totdat dit manuscript wordt gepubliceerd, verwijzen wij u naar de DAWGPAWS SourceForge website bij de beschrijving van uw gebruik van deze program.JC Estill en JL Bennetzen. 2009. De DAWGPAWS Pipeline voor het annoteren van Genen en transposons in het genoom van planten. annotatie ProgramsDAWGPAWS omvat scripts te werken met computationele bewijzen uit de volgende standalone programma's en websites. U kunt informatie voor de volgende programma's door te klikken op de naam annotatie programma, en je kunt de documentatie voor de DAWGPAWS script door te klikken op de naam script. Voor volledige informatie over het installeren en gebruiken van deze programma's, zie de DAWGPAWS manual.These annotatie programma's zijn niet opgenomen in de DAWGPAWS programma en moet apart worden geïnstalleerd. Hier zijn een aantal belangrijke eigenschappen van "DAWGPAWS": · FASTA bestandsmanipulatie met sequenties voor het annoteren pijpleiding bereiden · Annotatie hiaten in de reeks samenstellen · Het uitvoeren ab initio gen annotatie en transponeerbaar element annotatie programma's op hoge doorvoer pijplijn · BLAST pijpleiding geschikt voor toepassing in een cluster berekenen raamwerk · Conversie van de output van annotatie software om de gemeenschappelijke GFF bestandsformaat · Conversie van GFF bestanden naar de Game.xml formaat Help is beschikbaar in alle command line programma's met behulp van command line vlaggen. Help info en volledig handmatige dossiers zijn nog in ontwikkeling zijn voor sommige programma's. Om toegang te helpen waar progname is de naam van het individueel programma: · Progname --usage · Het genereren van een basisgebruik bericht met informatie over de vereiste argumenten · Progname --help · Het genereren van een meer uitgebreide help-bericht dat nodig argumenten en alle opties bevat · Progname --man · De volledige handleiding voor het programma · Manual pagina's voor de afzonderlijke programma's zijn beschikbaar op de DAWGPAWS website en zijn inclusief in de Release-1.0 downloaden van de DAWGPAWS suite. Vereisten: · Perl

Dawgpaws Gerelateerde software