LFPY Een module voor het modelleren van lokale veldpotentialen die op Neuron zijn gebouwd
Download nu

LFPY Rangschikking & Samenvatting

LFPY Tags

Python-bibliotheek Python NEURON

LFPY Beschrijving

LFPY is een Python-module voor de berekening van extracellulaire potentialen van Multicompartment Neuron-modellen.it vertrouwt op de Neuron-simulator (http://www.neuron.yale.edu/neuron) en gebruikt de Python-interface (http: //www.frontiersin. Org / Neuroinformatics / 10.338/neuro.11.001.2009/abstract) Het biedt.lfpy biedt een set eenvoudig te gebruiken Python-klassen voor het instellen van uw model, het uitvoeren van uw simulaties en het berekenen van de extracellulaire potentialen die voortvloeien uit de activiteit in uw model Neuron . Als u al een model in Neuron werkt, is het waarschijnlijk dat het kan worden aangepast aan het werk met LFPY. De extracellulaire potentialen worden berekend uit transmembraanstromen in multi-compartiment Neuron-modellen met behulp van de Line-Source-methode (Holt en Koch, J Comp Neurosci 1999), maar een eenvoudigere point-source-methode is ook beschikbaar. De berekeningen gaan ervan uit dat het neuron wordt omgeven door een oneindig extracellulair medium met homogene en frequentieonafhankelijke geleidbaarheid, en compartimenten worden verondersteld ten minste op een minimale afstand van de elektrode (die door de gebruiker kan worden gespecificeerd). Voor meer informatie over de biofysica die ten grondslag ligt aan het numerieke kader gebruikte dit complete boek hoofdstuk: - K.H. Petterssen, H. Linden, a.m. Dale en G.T. EINEVOLL: extracellulaire spikes en stroombrondichtheid, in * Handboek van neurale activiteitsmeting *, bewerkt door R. Brette en A. Destexhe, Cambridge, om preprint pdf te lijken. In de huidige versie is Lfpy voornamelijk ontworpen voor simulatie van enkele neuronen. Lfpy is ontwikkeld in de Computational Neuroscience Group (http://compneuro.umb.no), afdeling Wiskunde Wetenschappen en Technologie, aan de Noorse University of Life Sciences (http://www.umb.no), in samenwerking met de Laboratorium van Neuroinformatics (http://www.nencki.gov.pl/en/laboratory-of-neuroinformatica), Nencki Institute of Experimental Biology (http://www.nencki.gov.pl), Warschau, Polen. De inspanning werd ondersteund door de internationale neuroinformatics-coördinerende faciliteit (http://incf.org) en de onderzoeksraad van Noorwegen (http://www.forskningsradet.no/english) (escience, nevronor). Voor bijgewerkte informatie over LFPY en Online documentatie, zie de LFPY-homepage (http://compneuro.umb.no/lfpy).Deze wetenschappelijke software wordt vrijgegeven onder de GNU Public License GPLV3.InstallationEr is een andere manier om LFPY te installeren: 1. Vanaf de Python-pakketindex met alleen lokale toegang met PIP PIP-installatie --user lfpy als sudoer: SUDO PIP INSTALLATE LFPY2. Van de Python-pakketindex met alleen lokale toegang met Easy_Install Easy_Install --user Lfpy als Sudoer: Sudo Easy_Install Lfpy3. Van bron: Tar -xzf lfpy-x.x.tar.gz cd lfpy-x.x (sudo) python setup.py installeer (--user) product-startpagina

LFPY Gerelateerde software