Murka Software voor het werken met mediane netwerken en Steiner-bomen uit alignments van biologische sequenties.
Download nu

Murka Rangschikking & Samenvatting

Murka Tags

biologisch Biologische sequenties opeenvolgingen Steiner-bomen parsimonistische fylogenies Steiner

Murka Beschrijving

Software voor het werken met mediane netwerken en Steiner-bomen uit alignments van biologische sequenties. Murka is een gratis software voor het afleiden van parmonistische fylogenies (d.w.z. bomen van minimumkosten) van uitlijningen van biologische sequenties. De theorie achter deze software is een combinatie van twee algoritmische benaderingen: het bouwen van mediane netwerken (geïntroduceerd in de vroege jaren 80 in algebra en leek later erg bruikbaar in fylogenetica) en het extraheren van Steiner-bomen uit grafieken. Het voordeel van deze combinatie is bijna volledige dekking van de minimumkostenbomen van een bronuitlijning en tolereer de prestaties voor vele gevallen nauwelijks te worden opgelost door klassieke methoden, met name die met topologieën. Naast exacte algoritmen zijn er ook heuristische methoden beschikbaar. Murka is niet het eerste programma op dit gebied. Er zijn ten minste twee publiek beschikbare en gratis softwarepakketten gericht op het werken met mediane netwerken. Het is Fluxus Engineering Network en AWC Spectronet. Murka lijkt het eerste opensource-programma te zijn dat zonder copyrightbeperkingen komt en onder LGPL wordt gedistribueerd. Murka bevat een Steiner-probleemoplosser van zwakke prestaties, maar het is in staat om het grootste deel van het middelgroot (van 2K-3K-randen) Steinlib-benchmarks in redelijke termijn op te lossen. De invoer- en uitvoerbestandsindelingen zijn compatibel met die van Fluxus Network. De Steiner-oplosser werkt met STP-bestanden. Voor visualisatie van resulterende netwerken kozen we het .Dot-formaat van Graphviz-software. Murka is een opdrachtregel-software die wordt getest onder Linux- en Windows-platforms. Momenteel worden twee Gardware-platforms ondersteund: X86 (IS-32) en IA-64 (Itanium2).

Murka Gerelateerde software