Segm SEGM-programma voor segmentatie van de heer afbeeldingen van de hersenen.
Download nu

Segm Rangschikking & Samenvatting

Segm Tags

brein DHR Afbeeldingen segmentatie hersenen MR SEGMENTATIE Segm

Segm Beschrijving

SEGM-programma voor segmentatie van de heer afbeeldingen van de hersenen. SEGM-programma voor segmentatie van de heer Afbeeldingen van de Brain.SEGM is een reeks beeldanalyse-tools die zijn ontwikkeld op en gebruikt door het hersengedrag laboratorium van de Universiteit van Pennsylvania. Het bestaat uit een reeks programma's (BrainMask, KMEAN_3DSEG en ADPKMASS_3DSEG_EBETA) die oorspronkelijk is ontwikkeld door Michelle Yan voor gebruik met specifieke MR-beeldprotocollen die worden gebruikt bij het hersengedragslab. Ze zijn bedoeld voor de kwantitatieve analyse van MRI-volumebeelden van het menselijk brein, en met name voor automatische segmentatie in tissueltypen. Hoewel deze programma's zichzelf zeer effectief hebben getoond voor de specifieke MR-beeldvormingsprotocollen waarvoor ze zijn ontworpen, hebben ze niet aangepast aan andere beeldvormende protocollen. Dus, terwijl ze bij BBL in BBL blijven worden gebruikt voor beeldanalyse, worden ze niet aanbevolen voor nieuwe toepassingen. We verwachten geen verdere wijzigingen in SEGM, behalve misschien om verlammende bugs te repareren of om gegevensuitwisseling te ondersteunen met nieuwere en meer draagbare programma's.bblimage is de nieuwere toolkit van BBL voor de MR-beeld en kan van belang zijn voor gebruikers van SEGM; Het is in ieder geval vaak de voorkeur aan SEGM voor nieuwe toepassingen.Image-bestanden worden altijd gelezen en geschreven in een big-endian order, ongeacht de inheemse architectuur; Dit is gedaan omdat de meeste of alle afbeeldingsbestanden bij BBL zijn gegenereerd en opgeslagen op het SPARK-werkstation, en het leek eenvoudiger te hebben om programma's te hebben op alle andere andere platforms die dit formaat lezen en schrijven dan het voortdurend omzetten van gegevensbestanden. Installatie: SEGM is succesvol gecompileerd en uitgevoerd onder Red Hat Linux 6.2 voor Intel en Solaris 2.7 voor SPARC. (De huidige versie vereist de GCC-compiler, meestal omdat we niet de tijd hebben gehad om erachter te komen hoe de gedeelde bibliotheek onder de CC-compiler van de zon kan worden gecompileerd.) We zullen geïnteresseerd zijn over andere successen of mislukkingen, en zeer geïnteresseerd om te ontvangen Fixes die succes oplevert op andere machines en besturingssystemen. Als u zowel bblimage als SEGM installeert, moet u SEGM eerst installeren, dan bblimage; Er zijn enkele geïnstalleerde bestanden die worden gedeeld tussen deze twee pakketten en BBLIFAGE heeft het meest waarschijnlijk de meest recente versie. De volgende stappen zullen meestal volstaan: 1. Pak het TAR-bestand en CD uit in de bronboom.2. Uitvoeren "./Configure" om de juiste parameters voor uw machine te raden. By Make Install 'installeert u de bestanden van het pakket in `/ usr / local / bin',` / usr / local / man ', en `/ ur / lokaal / lib '. U kunt een andere installatie-voorvoegsel anders dan `/ usr / local 'opgeven door' configureert 'de optie` --Prefix = pad' te geven. Gebruik bijvoorbeeld ./configure --Prefix = / Home / Hughettto Installeer de programma's in / Home / Hughett / Bin, de man-pagina's in / Home / Hughett / Man, en de gedeelde bibliotheek in / Home / Hughett / Lib / 3 . Voer "Make" uit om alles te compileren en te koppelen.4. Als u een programmeur bent, voert u "Tags maken" uit om het tags-bestand voor EMACS te maken; Als je een VI Partisan bent, maak dan eerst de voor de hand liggende verandering in de makefile.5. Als root, voer "Make Install" uit om alle uitvoerbare binaries en manpagina's te installeren, meestal in / usr / local / bin en / usr / local / man. (Het macrofrefix in de MAKEFILE-bedieningselementen waar de bestanden zijn geïnstalleerd; misschien wilt u dit bekijken om te verzekeren dat configuratie correct is geraden.) 6. Mogelijk moet u de zoekpaden voor binaries en manpagina's (meestal pad en mangepad) wijzigen .7. De gedeelde bibliotheek libsegm.so is geïnstalleerd in $ prefix / lib; Mogelijk moet u deze map toevoegen aan het zoekpad (meestal ld_library_path) voor gedeelde bibliotheken.

Segm Gerelateerde software