Smaad SMA bestaat uit een kleine verzameling van programma's die verschillende tests uitvoeren voor associatie tussen genotypen.
Download nu

Smaad Rangschikking & Samenvatting

Smaad Tags

tests genotypen associaties Binaire ziektestatus Genotype-tests Smaad genotype

Smaad Beschrijving

SMA bestaat uit een kleine verzameling van programma's die verschillende tests uitvoeren voor associatie tussen genotypen. SMA-software bestaat uit een kleine verzameling van programma's die verschillende tests uitvoeren voor associatie tussen genotypen bij een enkele marker en een binaire ziektestatus. REQUIRINGEN: · Boost · GSL · SnPFileInstallation: de eenvoudigste manier om dit pakket te compileren is: 1.` CD ' Naar de map met de broncode van het pakket en het type `./configure 'om het pakket voor uw systeem te configureren. Als u `CSH 'gebruikt op een oude versie van SYSTEEM V, moet u in plaats daarvan in plaats daarvan` sh ./configure' typen om te voorkomen dat `CSH 'probeert om te worden uitgevoerd' configureer 'zelf. Running `configure 'duurt een tijdje. Tijdens het hardlopen drukt het enkele berichten af die vertellen welke functies het controleert. 2. Type `Make 'om het pakket samen te stellen. 3. Typtype, typ "Make check 'om zelftesten uit te voeren die bij het pakket komen. 4. Typ "Make Install 'om de programma's en gegevensbestanden en documentatie te installeren. 5. U kunt de programmabinaries en objectbestanden uit de broncodedirectory verwijderen door 'Make Clean' te typen. Om ook de bestanden te verwijderen die `configureert 'gemaakt (zodat u het pakket voor een ander soort computer kunt compileren), typt u` distreclean'. Er is ook een 'Make-beheerder-schoon' doelwit, maar dat is voornamelijk bedoeld voor de ontwikkelaars van het pakket. Als u het gebruikt, moet u misschien allerlei andere programma's krijgen om bestanden te regenereren die bij de distributie zijn geleverd.USAGE: Momenteel lezen de programma's alleen invoerbestanden in het SNPFILE-formaat. In dit formaat is het meta-gegevensprotocol: Posities is een STD :: Vector die de positie voor elke markering bevat, in dezelfde volgorde als genotype-kolommen worden besteld in de genotype-matrix. Phenotypes is een STD :: Vector met de binaire ziektestatus (waar voor ziek, onjuist voor niet zieke) voor elk individu, bestelde in dezelfde volgorde als de rijen in de genotype matrix.markernames is een std :: vector Bevattende string-ID's voor elke marker, in dezelfde volgorde als genotype-kolommen worden besteld in de genotype-matrix. Dit is hetzelfde meta-gegevensprotocol zoals gebruikt voor Case / Control-gegevens door het SnP_File_Convert-programma in het SNPFILE-pakket. Wat is dat Nieuw in deze release: · Deze versie is een poort naar het SNPFILE-versie 2.0-formaat.

Smaad Gerelateerde software