Uitgesproken Edicid is een PERL-module die eenvoudig sequentie-uitlijningen lokaal of op een cluster uitvoert.
Download nu

Uitgesproken Rangschikking & Samenvatting

Uitgesproken Tags

Perl-module reeks sequentiepositioneringen cluster uitlijningen Uitlijnhulp uitlijning

Uitgesproken Beschrijving

Eitaid is een PERL-module die eenvoudig reeks uitlijningen lokaal of op een cluster uitvoert. Edicid is een PERL-module die eenvoudig sequentie-uitlijningen lokaal of op een cluster.synopsis-gebruik is uitgezet; # Maak een uittrekkingsobject # een enkele, lokaal Run Blast Job is de standaard My $ Job = EartinaD-> NIEUW (DB => 'MY_BLAST_DB', DIR => $ DIR, FASTA => 'MY_QUERY.FA', PROG_ARGS => 'V = 20 -nonnegok'); # Voer de taak uit op de huidige host My $ Return_Value = $ Job-> Indienen (Outfile => 'My_results.out'); # Creëer een uittrekkingsonderbreker en de uitlijningsprogramma en de wachtrij opgeven om de standaardinstellingen te overschrijven My $ JOCK2 = EIMITEIT-> NIEUW (PROGRAMMA => 'Cross_Match', DB => 'MY_DB.FA', DIR => $ DIR, FASTA => 'My_Query_seqs.fa', wachtrij => 'LSF'); # Dien de Cross_Match-taken in op een LSF-wachtrij (van de compute-knooppunten) My $ Return_value2 = $ Job2-> Indienen (Outfile => 'My_OUTPUT'); # Dood de gewaarde banen Mijn $ Return_Value3 = $ Job2-> Kill_all; Edicid is ontworpen om het gemakkelijk te maken om de reeks uitlijningsprogramma's Blast en Cross_Match te laten uitvoeren. Uitwijking kan een groot aantal querysequenties accepteren. Als een berekeningsclusterwacht, zoals LSF of PBS beschikbaar is, kan uitbrekend de query's automatisch opsplitsen in meerdere wachtrijbanen. Toch, als u de uitlijning lokaal op één host wilt uitvoeren, is een enkele wijziging alles wat nodig is Zorgt voor hoe u de uitlijnprogramma's hebt ingeroepen en de uitvoer beheren .Aldicid heeft ook rudimentaire ondersteuning voor LSF Queue Job Control; Het is mogelijk om banen te doden via de interface van de deelname. Wat is er nieuw in deze release: · Perl

Uitgesproken Gerelateerde software