 | druif.recipe.pipelineConfigureer een druivenpijpleiding in één eenvoudige stap |
| Download nu | |
druif.recipe.pipeline Rangschikking & Samenvatting
Advertentie
druif.recipe.pipeline Tags
druif.recipe.pipeline Beschrijving
Grape.recipe.Pipeline is een Python-module die alles voorbereidt dat nodig is om druivenpijpleidingen uit te voeren, zodat u geen opdrachtregelopties hoeft te schrijven. Motivatie bij de CRG, wij configureren al onze RNaseq-pijpleiding die op een centrale plaats worden uitgevoerd de druivenpijpleidingen. Zodra alle accessies en pijpleidingprofielen zijn gedefinieerd en de buildout-onderdelen zijn gemaakt, starten en uitvoeren en uitvoeren ze.Wanneer we FASTQ- of BAM-bestanden voor een project ontvangen, hebben we meestal: 1. Definieer de toetredingen en profielen in druif. Buildout / accessions / myproject / db.cfg druif.buildout / profielen / myproject / db.cfg2. Maak een pijplijnprojectmap in Grape.Buildout / Pijpleidingen / MyProject3. Configureer de opbouw in Grape.Buildout / Pipelines / MyProject / Buildout.CFG4. Voer de opbouw in Grape.Buildout / Pipelines / MyProject5. Voer de eerste pijpleidingen uit in Grape.Buildout / Pijpleidingen / Myproject / Onderdelen / * / Met behulp van deze aanpak kunnen we een willekeurig aantal pijpleidingen uitvoeren en nooit moeten nadenken over de opdrachtregelopties. Installatie is al ingesteld. Door druif.pipeline, dus je hoeft dit niet te doen. Als je het als onderdeel van een building wilt installeren, zou je deze configuratie moeten toevoegen aan de building :: -onderdelen = druif. Recipe.Pipeline Eieren = druif.recipe.pipeline recept = hexagonit.recipe.download URL = http://big.crg.cat/~mroder/grape/grape.recipe.pipeline-1.1.tar.gz md5sum = 5BD87D4D56A61B019D56A61B019CCC854F040F1D6D Bestemming = SRC / Druif.Recipe.Pipeline Strip-Top-Level-Dir = True Hash-Name = Falsethen U kunt dit recept gebruiken zoals deze :: Onderdelen = Testrun ... Pijplijnconfiguratie weggelaten voor beknoptheid ... Recept = druif.Recipe.Pipeline-toetreding = testrun1configuratie is een compleet voorbeeld van hoe de pijpleidingen zijn geconfigureerd, t Aken van het testproject in Grape.buildout.FIRST We definiëren een toetreding in toetreding / test / db.cfg :: soorten = homo sapiens leadyPE = 2x76 cell = nhek rnaextract = longpolya lokalisatie = cel repliceren = 1 kwaliteiten = solexa Type = FASTQ FILE_LOCATION = $ {building: Directory} /Src/testdata/testa.r2.fastq.gz $ {building: directory} /Src/testdata/testa.r1.fastq.gz $ {building: directory} / src / testdata / testB.r2.fastq.gz $ {buildout: directory} /src/testdata/testB.r1.fastq.gz monster = Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testA.2 Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testA.1 Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testB.2 Test_TestLocaltrun_read_stats_sample_testB.1 mate_id = testA.2 testA.1 testb .2 Testb.1 Pair_ID = Testa Testa Testb Testb Label = Test Test Test Type = Fastqthen We moeten pijpleiding uitvoeren en in profielen / myproject / db.cfg :: -onderdelen = testrun sjabloon = $ { Beeling: Directory} /Src/pipeline/temPlate3.0.txt projectid = Test db = Test_rnaseqpipeline Commandb = Test_rna SEQPIPELINECOMMON-DRAADS = 8 MAPPER = GEM MISMATCHES = 2 Cluster = MEM_6 annotatie = $ {buildout: directory} /Src/testdata/h.sapiens.sembl.55.test.gtf Genomeseq = $ {buildout: directory} / SRC / TestData / H.sapiens.genome.hg19.test.fa recept = druif.Recipe.pipeline-toetreding = testrunThe pijpleidingen / test / buildout.cfg ziet er als volgt uit :: verlengt = ../Dependencies.cfg ..// ../accessions/test/db.cfg ..//profiles/test/db.cfgther zijn aanwijzingen naar de toetreding en profiel. Het Dossier Afhankelijkheden zorgt voor het installeren van alle afhankelijkheden, zoals overlapping, flux, edelsteen en de druivenpijpleiding. Het installeert ook druif.recipe.pipeline, zoals beschrijven in de bovenstaande installatie-sectie.Product's startpagina
druif.recipe.pipeline Gerelateerde software
