 | gfatminerManipulaties en statistieken over genomische gegevens |
| Download nu | |
gfatminer Rangschikking & Samenvatting
Advertentie
gfatminer Tags
gfatminer Beschrijving
Manipulaties en statistieken over genomische gegevens Gfeatminer is een Python-module die kan worden gezien als een raamwerk voor het omgaan met genomische gegevens met behulp van een op verzoek gebaseerd systeem. Meestal heeft de gebruiker in zijn aangifte een paar bestanden met genomische gegevens. Deze bestanden, verwijzen naar tracks, bevatten genomische intervaltype-informatie (.Bed, .gff) of genomische score-type informatie (.wig). Met behulp van de GFEATMINER-module kan hij nu eenvoudig het antwoord op vragen berekenen met beschrijvende statistieken zoals: * Wat is de lengteverdeling van de functies in de selectie die ik heb gemaakt? * Wat is de score-distributie van de functies in deze drie nummers? * Wat is de cumulatieve basisdekking van deze 2 nummers gebroken door chromosoom? Naast toegangsfunctionaliteit met betrekking tot genomische manipulaties zoals: * Geef een nieuwe track opgebouwd door twee andere nummers samen te voegen. * Bekijk de overlappende intervallen van twee nummers. * Maak een nummer dat het complement is van een ander track.typisch gebruik lijkt vaak eruit: # import gfatminer # import gminer als GM # Maak het verzoek # req = '' ' versie = 0.1.0 Track1 = / TMP / A.SQL TRACK1_NAME = "Test Track 1" Operation_Type = Genomic_Manip Manipulatie = aanvulling Output_location = / TMP / Result.SQL '' '# Run it # Job = Gm.gmrequest (Req) Fout, Resultaat, Type = Job.Prepare () Als fout! = 200: afdrukfout, resultaat; Sys.Exit () Fout, Resultaat, Type = Job.Run () indien fout! = 200: afdrukfout, resultaat; Sys.Exit () Volledige documentatie: de volledige documentatie is te vinden op onze Wiki-pagina: http: //bbcf.epfl.ch/view/bbcf/gfeatminer-eisen: · Python
gfatminer Gerelateerde software
