Abacas Algoritmisch gebaseerde automatische contiguering van geassembleerde jachtgeweersequenties
Download nu

Abacas Rangschikking & Samenvatting

Abacas Tags

visualiseren uitlijnen contigueer primer primer alignemnt visualiseren primer contigueren

Abacas Beschrijving

Algoritmisch gebaseerde automatische contiguering van geassembleerde jachtgeweersequenties Abacas is bedoeld om snel te contigeren (uitlijnen, orde, oriënteren), ontwerp en visualiseren van primers om gaten op shotgun geassembleerde contigs op basis van een referentiesequentie te sluiten .Abacas gebruikt Mummer om de uitlijnposities te vinden en de synageert van geassembleerde contigenties te identificeren. wordt dan verwerkt om een pseudomolecuul te genereren die overlappende contigingen en gaten in rekening brengt. Abacas genereert een vergelijkingsbestand dat kan worden gebruikt om bestelde en georiënteerde contigs in Artemis Act te visualiseren. SynteSy wordt weergegeven door rode staven waarbij de kleurintensiteit afneemt met lagere waarden van procent-identiteit tussen vergelijkbare blokken. Informatie over Contigs zoals de oriëntatie, procent identiteit, dekking en overlapping met andere contigingen kunnen ook worden gevisualiseerd door het uitvoeringsbestand van de uitvoer op ACT te laden. Vereisten: · Mummer · Artemis Act (optioneel) Wat is er nieuw in deze release: · Dit is de nieuwste versie van Abacas.

Abacas Gerelateerde software