Lamms Draagbare grootschalige atomaire / moleculaire massaal parallelle simulator
Download nu

Lamms Rangschikking & Samenvatting

Lamms Tags

simuleren model- modder atoommodeller deeltjessimulator moleculaire simulator

Lamms Beschrijving

Draagbare grootschalige atoom / moleculair massaal parallelle simulator Lamms is een classical Molecular Dynamics (MD) -code. Zoals de naam al aangeeft, is het ontworpen om goed op parallelle machines te rennen, maar het rijdt ook prima op single-processor desktop-machines.Lammps is erg draagbaar. Het zou op elk platform moeten bouwen met een C ++ -compiler. De GNU G ++ compiler of commerciële compilers werken prima. Lamms is gebouwd voor verschillende parallelle en desktopmachines, die Mac OS X, UNIX- of Linux-varianten worden uitgevoerd. Lamms heeft potentialen voor zachte materialen (biomoleculen, polymeren) en materialen voor massief staten (metalen, halfgeleiders) en grofkorrelige systemen. Het kan worden gebruikt om atomen of, meer generiek te modelleren, als een parallelle deeltjessimulator bij de Mesoscale of Continuum-niveaus.Lammps werkt op single-processor-machines of parallel met behulp van bericht-passerende technieken en een ruimtelijke ontbinding van het simulatiedomein. De code is ontworpen om eenvoudig te wijzigen of uit te breiden met nieuwe functionaliteit. Hier zijn enkele belangrijke functies van "Lammps": · Draait op een enkele processor of parallel · Distributed-Memory Message-passing Parallellym (MPI) · Spatial-decompositie van simulatiedomein voor parallellisme · Open-source-distributie · Zeer draagbare C ++ · Optionele bibliotheken nodig: MPI en Single-processor FFT · Parallelle, voert u tegelijkertijd één of meerdere simulaties uit · Eenvoudig uit te breiden met nieuwe functies en functionaliteit · Atomen, polymeren, moleculen, metalen, korrelige deeltjes, grofkorrelige deeltjes, ellipsoïden, puntdipolen of hybride combinaties hiervan · Paarlijke potentialen: Lennard-Jones, Buckingham, Morse, Yukawa, Soft, Class 2 (Compass), Tabulated · Geklaagde paarsgewijs potentialen: Coulombic, Point-Dipole · Manybody Potentials: IEAM, FINNIS / SINCLAIR EAM, GEMODIFICEERD EAM (MEAM), FANTERINGER-WEBER, TERSOFF, AI-REBO · Grof-graanpotentieel: korrelig, DPD, GAYBERNE, colloïdaal · Bondspotentieel: Harmonisch, Fene, Morse, niet-lineaire, klasse 2, kwartaal (breekbaar) · Hoekpotentialen: Harmonic, Charmm, Cosinus, Cosinus / Squared, Klasse 2 (Compass) · Dihedral Potentials: Harmonic, Charmm, Multi-Harmonic, Helix, Klasse 2 (Compass), OPLS · Onjuiste potentialen: Harmonic, CVFF, klasse 2 (Compass) · Hybride potentialen: meervoudig paar, obligatie, hoek, dihedraal, onjuiste potentialen kunnen in één simulatie worden gebruikt · Overlayed Potentials: Superpositie van meerdere paarpotentialen · Polymeerpotentialen: All-Atom, United-Atom, Bead-Spring, Breakable · Waterpotentialen: TIP3P, TIP4P, SPC · Impliciete oplosmiddelmogelijkheden: hydrodynamische smering, Debye · Lange-range Coulombics en dispersie: Ewald, PPPM (vergelijkbaar met deeltjes-mesh Ewald), Ewald / N voor Lennard-Jones met lange afstand · Charmm, Amber, Opls Force-Field Compatibiliteit · 2D of 3D-systemen · Orthogonale of niet-orthogonale (triclinische symmetrie) simulatiedomeinen · Constant NVE, NVT, NPT, NPH-integrators · Thermostatting-opties voor groepen en geometrische regio's van atomen · Drukregeling via neus / hoover barostatting in 1 tot 3 dimensies · Simulatiebox vervorming (trek en afschuiving) · Harmonische (paraplu) Constraint-krachten · Onafhankelijke of gekoppelde stijve lichaamsintegratie · Schudden en hoekbeperkingen · Walls van verschillende soorten · Targeted Molecular Dynamics (TMD) -beperkingen · Niet-evenwichtsmoleculaire dynamiek (NEMD) · Verscheidenheid aan extra grensvoorwaarden en beperkingen · Velocity-Verlatie-integrator · Brownian Dynamics · Energieminimalisatie via conjugaat-gradiëntontspanning · Rrespa Hiërarchische Timesteping · Parallel temperen (replica-uitwisseling) · Voer tegelijkertijd meerdere onafhankelijke simulaties uit · Logbestand van thermodynanmische informatie · Tekstdumpbestanden van ATOM-coords, snelheden, andere per-atoomhoeveelheden · Binaire herstartbestanden · PER-ATOM-hoeveelheden (energie, stress, Centro-Symmetry-parameter, enz.) · Door de gebruiker gedefinieerde systeembrede (logbestand) of per-atom (dumpbestand) berekeningen · Ruimtelijke en tijdmiddeling van per-atoomhoeveelheden · Tijdmiddeling van systeembrede hoeveelheden · Atom-snapshots in native, XYZ, XTC, DCD-formaten Wat is er nieuw in deze release: · Nieuwe release van Lamms (C ++ -versie). 138.720-regels code in SRC DIR met alle pakketten inbegrepen (maar geen bibliotheekbronbestanden). · Belangrijk: de syntaxis van de volgende opdrachten is gewijzigd: Pair_Style Gran / Hoode, Pair_Style Gran / Hoode / Geschiedenis, Pair_Style Gran / Hertz / History en Special_Bonds. Het trefwoord "tag" in het Dump Aangepaste opdracht is gewijzigd in "ID". De wanbetaling voor het opgeven van laagdikten in het FIX AVE / Spatial-opdracht is gewijzigd van box-eenheden tot roostereenheden.

Lamms Gerelateerde software