Matrixgen Gratis en open source bioinformatics-applicatie die u zal helpen scorende matrices te genereren
Download nu

Matrixgen Rangschikking & Samenvatting

Matrixgen Tags

eiwit matrice DNA genereren dna matrice Aminozuuranalyse Proteïne matrice genereren

Matrixgen Beschrijving

En Open Source Bioinformatics-applicatie die u zal helpen scorende matrices te genereren Matrixgen is een bio-informatica-applicatie die wordt gebruikt om scorende matrices te genereren uit analyse van uitgelijnde aminozuur- en DNA-datasets. Deze matrices kunnen vervolgens door clustal worden gebruikt om nauwkeuriger uitlijningen te genereren. Er zijn veel algoritmen voor het bepalen van de gelijkenis van eiwitgelijken en het afstemmen van eiwitten. Er zijn ook veel programma's om dit te doen. Matrixgen is geen uitlijningsprogramma. Het is echter interoperaat met uitlijnprogramma's om een meer accurate uitlijning te bieden. Many-methoden voor het afstemmen van eiwitten vertrouwen op een gewogen matrix om de kans op overgangen van het ene aminozuur naar de volgende te scoren. De uitlijning met de hoogste score wordt vervolgens de meest correcte uitlijning beoordeeld. Deze gewogen matrices worden gegenereerd door eenvoudig uitgelijnde sets van eiwitten te analyseren om de kans op mutatie van een bepaald aminozuur in een evolutionaire context te bepalen. Deze matrices worden het meest in het algemeen gepresenteerd als een blok van kansen (LOD) matrix. Elk element van een LOD-matrix is het logaritme van een verhouding van kansen. Specifiek zijn de overwogen waarschijnlijkheden de waargenomen waarschijnlijkheid van een paar aminozuren over de verwachte waarschijnlijkheid van een paar aminozuren.Matrixgen berekent deze kansen zoals beschreven door Henikoff en Henikoff. Matrixgen doet geen blokclustering zoals beschreven door dit zelfde papier. Het idee achter Matrixgen is om een matrix specifiek voor het eiwit te maken dat u op één lijnt met een dataset van zeer vergelijkbare eiwitten. Matrixgen zal ook afstandsmatrices genereren en u andere nuttige statistieken geven over uw dataset.

Matrixgen Gerelateerde software