Mmtk Een bibliotheek voor moleculaire simulaties met een focus op biomoleculaire systemen
Download nu

Mmtk Rangschikking & Samenvatting

Mmtk Tags

simuleren simulator modder Molecuul-simulatie mollecule modeller simuleren molecule

Mmtk Beschrijving

Een bibliotheek voor moleculaire simulaties met een focus op biomoleculaire systemen De Molecular Modeling Toolkit (MMTK) is een gratis en open source programmabibliotheek voor moleculaire simulatietoepassingen. Naast het verlenen van kant-en-klare implementaties van standaardalgoritmen, dient MMTK als een codebasis die gemakkelijk kan worden uitgebreid en gewijzigd om de standaard- en niet-standaardproblemen in moleculaire simulaties aan te pakken. De drie meest voorkomende gebruikspatronen van MMTK zijn · Python-scripts schrijven die gebruik maken van MMTK-functies voor standaard simulatie- en modelleringstoepassingen. Dit is vergelijkbaar met het gebruik van andere simulatiepakketten met een scriptingtaal (d.w.z. charmm of gromos), maar met het extra voordeel van toegang tot veel nuttige python-modules van elders. De voorbeeldgedeelte toont wat dergelijke scripts eruit zien. · Schrijfmodules die nauw samenwerken met MMTK (en misschien andere pakketten) om problemen op te lossen waarvoor geen standaardoplossing bestaat. Bijvoorbeeld het toevoegen van een bepaalde krachtveld of een bepaalde simulatie- of analyse-algoritme. Er is niet veel concurrentie voor MMTK in dat domein. · Schrijfprogramma's in Python die MMTK intern gebruikt, voor gebruikers die niets van dergelijke internals hoeven te weten. Die programma's kunnen eenvoudig te gebruiken grafische interfaces (zie b.v. Domainfinder en Nmoldyn) of worden geïntegreerd in een webservice (zie b.v. WebNM @). MMTK is ontwikkeld in en rond Python, een object-georiënteerde algemene programmeertaal op hoog niveau. In feite bestaat MMTK uit niets meer dan een verzameling Python-modules, waarvan de meeste in Python zelf zijn geschreven, met slechts een klein tijdskritisch (bijv. Energie-evaluatie) in C. MMTK-applicaties zijn Python-programma's die hiervan zijn modules. Python werd gekozen omdat het een snelle code-ontwikkeling en testen maakt, terwijl het een zeer handige C-interface biedt voor het omgaan met tijdskritische berekeningen. MMTK is gebaseerd op een objectgeoriënteerd model van moleculaire systemen. Een systeem bestaat uit atomen, moleculen en complexen, die allemaal worden gedefinieerd in de chemische database van MMTK. Een molecuul is bijvoorbeeld gedefinieerd in termen van atomen, krachtveldparameterit is mogelijk om gespecialiseerde versies van deze objecten te introduceren; MMTK heeft bijvoorbeeld speciale ondersteuning voor eiwitten, die in principe chemische complexen zijn, maar kunnen worden afgehandeld in termen van peptideketens, residuen, zuivere, enz ..Compomhed in standaard modelleringscode die in Fortran is geschreven, MMTK is veel gemakkelijker te begrijpen, en aanpassen. Nieuwe krachtvelden kunnen bijvoorbeeld worden toegevoegd zonder enige bestaande code aan te raken, d.w.z. zonder enig risico om het te breken, en nieuwe integrators kunnen worden ontwikkeld zonder aannames over force field-implementaties. MMTK-gebruikers kunnen ook profiteren van een grote verzameling Python-code die is ontwikkeld voor andere toepassingen, wetenschappelijk of anderszins. Hier zijn enkele belangrijke kenmerken van "MMTK": · Bouw van moleculaire systemen, met speciale steun voor eiwitten en nucleïnezuren · Oneindige systemen of periodieke grensvoorwaarden (orthorhombische elementaire cellen) · Gemeenschappelijke geometrische operaties op coördinaten · Stijve-lichaam past · Visualisatie met behulp van externe PDB- en VRML-kijkers; Animatie van Dynamics Trajecten en Normale modi · Het Amber 94 Force-veld, met verschillende opties voor het hanteren van elektrostatische interacties · Een Formation Force-veld voor snelle normale modusberekeningen op eiwitten · Energieminimalisatie (steilste afkomst en conjugaatverloop) · Moleculaire dynamiek (met optionele thermostaat, barostat en afstandsbeperkingen) · Normale modusanalyse · Trajectbewerkingen · Puntkosten passen · Moleculaire oppervlakteberekeningen · Interfaces met andere programma's Vereisten: · Scientificypython · Python

Mmtk Gerelateerde software