Novocraft Een reeks van programma's die zijn ontworpen voor nauwkeurige en hoge snelheidsuitlijning van korte lezingen voor referentiegenomen.
Download nu

Novocraft Rangschikking & Samenvatting

Novocraft Tags

Scherm visualiseren genoom Gevisualiseer genoom Genome uitlijning genoom weergeven

Novocraft Beschrijving

Een reeks programma's ontworpen voor nauwkeurige en hoge snelheidsuitlijning van de korte lezingen voor referentiegenomen. Novocraft is een pakket dat een reeks programma's biedt die is ontworpen voor nauwkeurige en hogesnelheidsuitlijning van korte lezingen voor referentiegenomen. Nieuwe kenmerken omvatten het gebruik van basiskwaliteiten in de lezingen en dubbelzinnige nucleotidecodes in de referentiesequenties voor uitlijning. Hier zijn enkele belangrijke kenmerken van "Novocraft": Novoalign - onze aligner voor single en gepaarde eindkort leest: · Ondersteuning voor Gzipped-invoerbestanden (alleen commerciële versie, vraag hier een proeflicentie aan.) · 5 'Adapter stripoptie (alleen commerciële versie) · Multi-threaded voor extra prestaties (alleen commerciële versie) · Volledige index Assisted Needleman-Wunsch-uitlijning met Affine Gap-sancties en op kwaliteit gebaseerde score · Phred Style Scoring and Uitlijnkwaliteiten · Novoalign is ook in staat om ondersteuning te bieden voor het iteratieve uitlijningsproces. · Geïndexeerd genoom geladen in gedeeld geheugen voor hergebruik in multiprocessing · Kan FASTA, FASTQ, SOLEXA FASTQ, PRB-invoerformaten gebruiken. · Voor lees met meerdere goede uitlijningen kan rapporteren: Geen; één op willekeurige selectie; of alle uitlijningen. · Ook een optie om alle uitlijningen tot een aantal maximale Phred-score P (R | AI) te melden · Nagere uitlijningskans (kwaliteitsscore) en filter. · Ondersteunt kleine letters masking van genoom. · Ondersteunt variërende leeslengten · Adapterstrippen voor kleine RNA leest · Iteratief lezen trimmen · Integratie met MAQ met behulp van 'Novo2MAQ' · Volledige noodleman-wunsch aan beide uiteinden. Beide uiteinden kunnen hiaten hebben. · Accepteert een structurele variatiestraf en de beste uitlijning kunnen twee onafhankelijke uiteinden zijn als de totale score met SV-boete beter is dan het beste paar dat past bij de verdeling van de fragmentlengte. · Initiële fragmentlengte-grootte die is ingevoerd als gemiddelde en standaarddeviatie. Hierna leert het programma van de daadwerkelijke fragmentlengten van hoogwaardige paren, geleidelijk aan het aanpassen van fragmentlengte-distributie en straffen om echte uitlijningen te matchen. · Deze aligner is niet geschikt voor leest van 454 of ABI-solide. Novobarcode (bèta) - Novobarcode classificeert leest volgens de "barcode" -tags: · Classificatie maakt gebruik van basiskwaliteitswaarden. · Kan Classity PRB, FASTA of FASTQ-formaat luiden. · Kan een enkel uiteinde classificeren of gecombineerd einde leest. NOVO2MAQ - een conversiehulpprogramma voor het converteren van Novoalign-rapporten in MAQ-kaartformaat: · Deze tool is gebaseerd op MAQ-broncode en wordt aangeboden als bronbestanden. Het maakt gebruik van MAQ-hulpprogramma's mogelijk voor de verwerking van de uitlijning van de uitlijning. · NovoIndex - NovoIndex bouwt een K-Mer-index op van een reeks referentiesequenties die vervolgens het doelwit zijn voor de uitlijnprogramma's. · De referentiesequentie is gecodeerd 4-bits per basis in de index. De indexstructuur behoudt, en overbodig indexen, maximaal twee iub ambigue codes per K-Mer. Dit is vooral bruikbaar in sommige planten- en microbiële genomen die een aanzienlijk deel van dubbelzinnige NA-codes hebben. · Een kleine letters maskerende optie limiet K-Mer-indexering naar hoofdletters NA-codes. Afstemming, met name gepaarde uiteinde kunnen zich uitstrekken in kleine letters. · Wanneer het geheugengebruik van cruciaal belang is, kan de index K-Mers overslaan zonder impact op de uitlijningsgevoeligheid. Het is bijvoorbeeld mogelijk om slechts elke 5e 14-Mer te indexeren. Hierdoor kan een index van het menselijke genoom in 6Gbytes of minder RAM worden gebouwd. (k = 14, s = 3) · Gevoeligheid en specificiteit van de uitlijnprogramma's worden niet beïnvloed door de lengte van de index K-MER. Wat is er nieuw in deze release: · Verbeterde nauwkeurigheid van kwaliteitsscores voor gecombineerd einde leest.

Novocraft Gerelateerde software