RDP-classifier Naive Bayesian-classifier die snel en nauwkeurig taxonomische opdrachten van domein tot geslacht biedt
Download nu

RDP-classifier Rangschikking & Samenvatting

RDP-classifier Tags

volgorde classificeren classificator classificeren RNA-sequentie bacteriële sequentie classificeren classificeren archael-sequentie

RDP-classifier Beschrijving

Naive Bayesiaanse classifier die snel en nauwkeurig taxonomische opdrachten van domein tot geslacht biedt RDP-classifier is een naïeve Bayesiaanse classifier die is ontwikkeld om een snelle taxonomische plaatsing te bieden op basis van RRNA-sequentiegegevens. De RDP-classificator kan snel en nauwkeurig bacteriële 16S RRNA-sequenties indienen in de nieuwe taxonomie met hogere orde die door Bergey's vertrouwen is voorgesteld. Het biedt taxonomische opdrachten van domein tot het geslacht, met vertrouwensschattingen voor elke opdracht. De RDP-classificator is niet beperkt tot het gebruik van de bacteriële taxonomie die door de redacteuren van Bergey is voorgesteld. Het werkte even goed bij het opgeleid van de NCBI-taxonomie. De RDP-classificator kan waarschijnlijk worden aangepast aan extra fylogenetisch coherente bacteriële taxonomieën. Met de RDP-classifier kunt u eenvoudig 16S RRNA-gensequenties toewijzen aan de nieuwe fylogenetisch consistente hogere-orde bacteriële taxonomie voorgesteld door Garrity et. Al.Hierarchische Taxa is gebaseerd op een naïeve Bayesiaanse RRNA-classifier. De nieuw opgeleide classifier maakt classificatie mogelijk van zowel bacteriële als archaeale 16S RRNA-sequenties. Wat is er nieuw in deze release: · Vorige release zou reeksen classificeren zonder geldige woorden. · Gewijzigd om nieuwe variabele min_good_words te vereisen en deze in Min_Seq_len - Sequence.wordsize te zijn.

RDP-classifier Gerelateerde software