T-rfpred Een groep PERL-scripts die onderzoekers helpen om de Profiie-pieken van een Trflp-vingerafdruk te identificeren met behulp van kloonbibliotheken van gedeeltelijk gesequenced 16S RRNA-genen
Download nu

T-rfpred Rangschikking & Samenvatting

T-rfpred Tags

identificeren identifier Identificeer Profielpieken PROFIEL Pieken Identifier gebruik kloonbibliotheek profiel piek

T-rfpred Beschrijving

Een groep perl-scripts die onderzoekers helpen om de Profiie-pieken van een Trflp-vingerafdruk te identificeren met behulp van kloonbibliotheken van gedeeltelijk gesequenceerde 16S RRNA-genen T-RFTRED, Terminal-Restriction Fragment Voorspelling is een groep PERL-scripts die onderzoekers helpen om de profielpieken van een Trflp-vingerafdruk te identificeren met behulp van kloonbibliotheken van gedeeltelijk gesequenced 16S RRNA-genen van hetzelfde monster. In Silico-methoden zijn vergelijkbaar met dit noodzakelijk om restrictiefragmentpieken te identificeren. In principe schat deze methode de verwachte grootte van uw kloonsequenties voor een bepaald restrictie-enzym. T-RFRED maakt gebruik van de uitgelijnde genbank-versie van het Ribosomal Database-project (RDP) dat opnieuw wordt geformatteerd om het proces te versnellen. Het idee achter deze methode is dat men in de meeste omstandigheden slechts gedeeltelijke sequenties in een kloonbibliotheek kan hebben en niet het hele 16S RRNA-gen. Ook is de primer die voornamelijk voor de T-RFLP wordt gebruikt, meestal dezelfde als die voor sequencing en vervolgens schatte ATHE-methode de lengte van het fragment door de lengte van het oligonucleotide aan te voegen, de schatting van de lengte van de "gat "en de lengte van de monstersequentie vanaf het begin van de monstersequentie tot de eerste doelgrootte van het restrictie-enzym. De lengte van de "GAP", ontbrekende basen tussen het einde van het oligonucleotide en het begin van de monstersequentie, wordt geschat op basis van een aantal sequenties die het meest gerelateerd zijn aan de monstersequentie in een subset van de ribosomale database-projectsequenties die lang genoeg zijn om het oligonucleotide te overspannen. Een lokale blastn vindt de beste hits en vervolgens Smith-Waterman-uitlijningen van de monstersequentie en de beste hits geven nauwkeurige percentage overeenkomsten. Ook geeft T-RFRED de taxonomie van het dichtstbijzijnde familielid.

T-rfpred Gerelateerde software