Topographica Een algemene neurale simulator die zich richt op topografische kaarten
Download nu

Topographica Rangschikking & Samenvatting

Topographica Tags

simuleren neuraal topografische kaart topografisch neurale simulator neurale kaart

Topographica Beschrijving

Een algemene neurale simulator die zich richt op topografische kaarten Topographica is een softwarepakket voor computationele modellering van neurale kaarten, ontwikkeld door de Neural Networks Research Group aan de Universiteit van Texas aan Austin en het Instituut voor Adaptive en Neural Computation aan de Universiteit van Edinburgh. Het project wordt gefinancierd door het NIMH Menselijk Brain Project volgens subsidie 1R01-MH66991. Het doel is om onderzoekers te helpen de hersenfunctie te begrijpen op het niveau van de topografische kaarten die sensorische en motorsystemen vormen. Topographica is bedoeld om de vele neuron-simulators met lage low-level aan te vullen die beschikbaar zijn, zoals Genesis en Neuron. Die simulators richten zich op het modelleren van het gedetailleerde interne gedrag van neuronen en kleine netwerken van hen.Topographica richt zich in plaats daarvan op de grootschalige structuur en functie die alleen zichtbaar is wanneer vele duizenden van dergelijke neuronen zijn verbonden in topografische kaarten die miljoenen verbindingen bevatten. Veel belangrijke verschijnselen kunnen niet worden bestudeerd zonder dergelijke grote netwerken, waaronder de tweedimensionale organisatie van visuele oriëntatie- en bewegingsrichtingkaarten en objectsegmentering en groeperingsprocessen. Om dergelijke modellen praktisch te maken, is de fundamentele eenheid in Topographica een vel neuronen in Topographica. dan een neuron of een deel van een neuron. Voor de meeste simulaties kunnen de vellen op een hoog niveau worden geïmplementeerd, bestaande uit abstracte firing-tarief of neuronen integreren en brand. Wanneer vereist voor validatie of voor specifieke verschijnselen, kan Topographica eenvoudig worden uitgebreid met behulp van een vel dat interfaces naar meer gedetailleerde neuron-modellen in andere simulatoren. Minder gedetailleerde lakens kunnen ook tijdelijk worden gebruikt, b.v. Bij het in realtime interactie met het model. Topographica maakt het eenvoudig om een passend niveau van complexiteit en details te gebruiken, zoals bepaald door het beschikbare computervermogen, hoeveelheid biologische gegevens die beschikbaar zijn voor validatie en fenomenen van belang. Wat is er nieuw in deze release: Algemene verbeteringen: · Aanzienlijke prestatieverbeteringen in simulaties (bijna 2x algemeen), plotten (2x) en opstarttijd · Kleine bugfixes · Meer opties voor het toevoegen van ruis aan verbindingsveldvormen · Optionele profilering van regellijn · Optioneel Cython-pakket voor het schrijven van snelle componenten Command-line en batch: · -V en -d-opties om de uitgebreide en foutopsporingsberichten af te drukken · Nieuwe opties voor run_batch en betere voortgangsberichten · Vervangen de meeste opdrachten met parameterizedfuncties, die hebben gedocumenteerd, type en gebonden gecheckte argumenten en een erfdeel van de gedeelde functionaliteit mogelijk maken · Vervangen kaartmeetcommando's in Topo.Command met eenvoudiger, algemeen doel, gemakkelijk. .TY-bestand regelbare versies (zie lissom_oo_or.ty en lissom.ty voor voorbeelden) · Save_PLOTGROUP: meer nuttige standaardwaarden; Resultaten kunnen in de cache worden opgeslagen om recomputatie te voorkomen · Maatregio_sine_Pref: algemene doelmeting voor elke voorkeur die kan worden getest met een sinastrating · Bewakte locals naar script-levelparameters met behulp van GlobalParams; zie voorbeelden / lissom.ty · Gemaakte verloopplot en fftplot beschikbaar in de batchmodus. GUI: · Model-editor ondersteunt niet-vel eventprocessors en niet-CFProjectie EPCONNECTIONS · Klik met de rechtermuisknop op optie voor het plotten van afstemmende curves · Plotvensters kunnen worden geregeld in 2D, niet alleen een rij (zie blad.row_precedentie) Voorbeeldscripts: · Voorbeeldbestand voor interfacing naar externe simulators (voorbeelden / perrinet_retina.ty) · Verouderde of in-progress-voorbeelden verwijderd · Een sterk vereenvoudigde resterende voorbeeldscripts · Gebruik nu globalparams om consistente optie-instelling te ondersteunen met -p · Toegestaan opslaan van lokale functies en instantie-methode oproepen in snapshots Componentbibliotheek: · Patterngenerators: vertaler; Mask_Shape Parameter maakt het nu ook gemakkelijk om een masker voor elk patroon, b.v. in de GUI · TransferFns (voorheen OutputFns genoemd): HalfrectialAndPower, Hysteresis en HomeosticEResponse · Bladen: ActivityCopy · LearningFNS: CFPLF_BCMFIXED_OPT, CFPLF_SCALED_OPT · Toegevoegde haaklijstparameters aan PERSTRERNECTEERSPONSEN EN LISSOM Om het gemakkelijker te maken om door de gebruiker gedefinieerde functionaliteit toe te voegen. · Gewijzigd namen en definities van verschillende vergelijkbare concepten (uitvoerfn, before_presentation, update_command, plot_command, enz.) Om het gedeelde concept van haken en haakjes weer te geven (lijsten van callables die op specifieke plekken in de code worden uitgevoerd). · Parameters: grenzen kunnen nu exclusief, optionele ondersteuning voor niemand in de meeste typen

Topographica Gerelateerde software