nmoldyn Een interactief programma voor de analyse van Molecular Dynamics Trajectories
Download nu

nmoldyn Rangschikking & Samenvatting

nmoldyn Tags

analyseren simuleren berekenen Molecuul-simulatie Molecuul-analyse Trajectcel

nmoldyn Beschrijving

Een interactief programma voor de analyse van moleculaire dynamiektrajecten Nmoldyn is een interactief analyseprogramma voor moleculaire dynamieksimulaties. Het is speciaal ontworpen voor de berekening en decompositie van neutronenverstrooiingspectra, maar berekent ook andere hoeveelheden.NMOLDYN kan de volgende hoeveelheden berekenen: hoeveelheden met betrekking tot neutronenverstrooiing coherente intermediaire verstrooiingsfunctie · geheugenfunctie voor coherente verstrooiingsfunctie · dynamische structuurfactor · incoherent tussenproduct Verstrooiingsfunctie · Elastische incoherente structuurfactor Andere hoeveelheden gemiddelde vierkante verplaatsing · Velocity Autocorrelatie-functie · Geheugenfunctie voor snelheid Autocorrelatie-functie · Dichtheid van staten · Hoekige snelheid Autocorrelatiefunctie (en het spectrum) · Reorientational Correlation-functie Bovendien kan Nmoldyn aangepaste trajecten van toepassing zijn Een invoertraject: · Rigid-body-trajecten, waarin de interne bewegingen van de moleculen (of delen daarvan) worden geëlimineerd · hoektrajecten, die stijve lichaamsbewegingen beschrijven door middel van massa en oriëntatie (quaternon) · frequentie- gefilterd trajecto Ries, van welke bewegingen buiten een gespecificeerd frequentie-interval worden geëlimineerd Nmoldyn heeft zowel een grafische gebruikersinterface die eenvoudig te gebruiken is en een opdrachtregelinterface voor ervaren gebruikers. Dit laatste is ook geschikt voor situaties waarin de grafische interface om technische redenen (netwerkbeperkingen enz.) Nmoldyn gebruikt, gebruikt de Molecular Modeling Toolkit (MMTK) en verwacht dat trajecten in MMTK-formaat (NETCDF-bestanden) zijn. Traject-converters voor Charmm / X-Plor / Naam- en DLPoly-trajecten zijn opgenomen in de distributie. Een converter voor ambertrajecten is afzonderlijk verkrijgbaar .Alle nmoldyn-berekeningen kunnen worden toegepast op een geheel systeem of op willekeurige subsets. De meest voorkomende subsets kunnen worden geselecteerd in de grafische interface vanuit een lijst, minder gebruikelijke selecties kunnen worden opgegeven door Python-code via de opdrachtregelinterface. Nmoldyn moet met alle belangrijke varianten van Unix (inclusief Mac OS X en Linux) en Windows werken. Er is een kleine systeemspecifieke code in Nmoldyn zelf, dus het porteren van nmoldyn naar andere systemen moet eenvoudig zijn. Vereisten: · Python Wat is er nieuw in deze release: · Bugfixes · Trajectomvormer voor DL_POLY 3

nmoldyn Gerelateerde software