 | FonzieVind markers met deze tool |
| Download nu | |
Fonzie Rangschikking & Samenvatting
Advertentie
Fonzie Tags
Fonzie Beschrijving
Fonzie is een op Python gevestigde informatica-applicatie die is gemaakt voor de genetische cartografiespecialiteit. Met Fonzie kunt u markeringen vinden op een reeks sequenties en geassocieerde oligonucleotiden. FONZIE noemt Tandem REPEER FINDER op het invoer-nucleic-sequentiebestand (FASTA-indeling). Elke marker wordt gescreend met betrekking tot verschillende criteria (grootte, procent van wedstrijden, aanwezigheid in specifieke regio's van de invoersequentie). Vervolgens wordt de gevoeligheid van Marker vastgesteld door het uitvoeren van een explosie tegen een database van nucleic-sequenties (waaronder het invoerbestand). Deze database moet worden gecreëerd vóór het gebruik van Fonzie. In de volgende stap zijn primerparen ontworpen, met behulp van Primer3, voor de geselecteerde markers. Fonzie Test vervolgens de gevoeligheid van het versterkingsproduct met behulp van Blast tegen de database. De uitvoerbestanden van Fonzie zijn een tab-gescheiden tekstbestand inclusief gegevens over markers en primers, een dat-bestand dat de uitvoer van TRF en 3 mappen die respectievelijk bevatten, de markeringssequentie in FASTA, de versterkingsproductsequentie in FASTA- en een gegevensbestand voor elke marker.
Fonzie Gerelateerde software
