Haploview HAPLOTYPE-analyse eenvoudig gemaakt.
Download nu

Haploview Rangschikking & Samenvatting

Haploview Tags

analyse Analyseren Test HAPLOTYPE-schatting schatting haplotype Gemeenschappelijk haplotype teken haplotype verf haplotype haplotype haplotype boom haplotype gevolgtrekking Beschrijf haplotype Volgorde naar haplotype HAPLOTYPE-analyse Haplotype-blokanalyse HAPLOTYPE Associatietest haplotype associatie HAPLOTYPE-gegevens Y-chromosomaal haplotype

Haploview Beschrijving

Haplotype-analyse is ontworpen voor moleculair genetische tests om DNA-segmenten te identificeren die overeenkomsten delen. Haploview is gemaakt om de taken met betrekking tot dergelijke analyse te verbeteren. De applicatie is op Java-gebaseerd, waardoor het cross-platform is en het is niet nodig om via een installatieproces te gaan. Supported bestandsindelingen en optieslooks zijn eenvoudig en op het punt, met een enkel panel dat het laden van maximaal vijf bestand accepteert Formaten: standaardkoppeling, gegevensdumps van HAPMAP-project, fase of plink. Er is ook ondersteuning meerdere bestanden met het toepassen van de opdrachtregel "-batch". Ongeacht het gekozen bestandsformaat dat in de toepassing is geladen, kunnen dezelfde parameters worden aangepast. Deze verwijzen naar de paarsgewijze vergelijking van markers, die boven een gespecificeerde waarde van de gebruiker kunnen zijn (de standaardinstelling is ingesteld op 500KB). Een tweede parameter verwijst naar de hoeveelheid genotypen die in individuen ontbreken. Afhankelijk van de gebruikersinstelwaarde kunnen deze personen worden uitgesloten van de analyse. Extra configuratie-instellingen zijn beschikbaar voor enkele van de ondersteunde bestandsindelingen. In het geval van standaard koppelingsgebruikers hebben gebruikers de mogelijkheid om associatie testen, familie trio-gegevens in te schakelen of een testbestand te laden. Na het laden van een dergelijk bestand zijn er verschillende displays beschikbaar, waaronder LD-plot, haplotypes, vinkmarkeringen of tagger (combineert paarsgewijze methoden met de potentiële efficiëntie van multimarkerbenaderingen). Met fase-formaat kan de HAPMAP-info-track worden gedownload als er een internetverbinding is. FunctionaliteitHet programma kan worden gebruikt voor het uitvoeren van LD- en HAPLOTYPE-analyse en schat de haplotype-frequentie in de bevolking. De lijst met functies ondersteunt ook permutatietesten die associatie-significantie kunnen onthullen. CONCLUSIEHAPLOVIEW is een programma met wetenschappelijke toepassingen die verschillende taken met betrekking tot het proces van HAPLOTYPE-analyse ondersteunt. Het kan worden gebruikt door studenten die bekend zijn met het onderwerp en het is ook flexibel in termen van functionaliteit en bruikbaarheid. Beoordeeld door Ionut Ilascu, laatst bijgewerkt op 7 maart 2014

Haploview Gerelateerde software