Jmodeltest Phylogenetisch modelmiddeling
Download nu

Jmodeltest Rangschikking & Samenvatting

Jmodeltest Tags

Phylogenetische systematica vervanging nucleotide fylogenetische analyse fylogenetische analysator fylogenetische voetafdruk fylogenetische context fylogenetisch Controleer de fylogenetische sonde Phylogenetische sondecontrole Test fylogenetische sonde Compute fylogenetisch netwerk Substitutie van nucleotide Phylogenetisch model gemiddeld Fylogenetisch model Bewaar fylogenetisch netwerk analyseer fylogenetische gegevens Phylogenetische gegevens fylogenetische taakzuinigheid fylogenetische analysen bouwen van fylogenetische superbomen maak fylogenetische superbomen Test fylogenetische onafhankelijkheid Typische fylogenetische analyse Phylogenetische hypothese Fylogenetische relatie fylogenetische reconstructie Phylogenetische topologie Fylogenetische generator Peak Middelingstijd

Jmodeltest Beschrijving

Jmodeltest is een wetenschappelijke toepassing die een selectie van nucleotide-substituties kan uitvoeren, nuttig in DNA-analyse, met ondersteuning voor grote pakketten gegevens. Het is een open-source, cross-platform-project dat streeft naar studenten, leraren, evenals onderzoekers in het DNA-veld. De meeste analyse wordt automatisch uitgevoerd, echter, geavanceerde kennis van nucleotide wordt van de gebruiker verwacht, meestal voor de interpretatie van de resultaten. Jmodeltest vertrouwt op de Java Runtime-omgeving om met succes te lopen, maar dat is de enige afhankelijkheid die u moet bieden. Het wordt ingepakt in een draagbaar pakket, daarom is de installatie niet vereist. De interface van Jmodeltest is vrij eenvoudig, maar de functies ingebed in de binnenkant zijn van een complexere aard. De meeste GUI is gewijd aan de analyse van de gegevens en de rapporten die het gevolg zijn van dit proces, dat, afhankelijk van de informatie in het bronbestand, vrij lang kan zijn. Er zijn vijf verschillende selectiestrategieën en deze zijn ingebed in het menu Analyse, als volgt: AIC (AKAike Informatiecriterium), BIC (Bayesian Information Criterion), DT (Beslissingstheorie), HLRT (hiërarchische waarschijnlijkheidsverhoudingstests) en fylogene middeling. Al deze kunnen worden geconfigureerd vóór het daadwerkelijke analyseproces; U kunt bijvoorbeeld het betrouwbaarheidsinterval aanpassen of de toepassing instellen om een modelmiddeling uit te voeren. Om het te bevestigen, kunt u het programma ook instrueren om een waarschijnlijkheidsscore te doen die afhankelijk is van een aanpasbare tariefvariatie en een vooraf geselecteerd basisboommodel. Concluderend kan Jmodeltest de tijd en inspanning opslaan die wetenschappers zouden beleggen in het uitvoeren van DNA-analyse-operaties per traditionele middelen. Het wordt echter aanbevolen dat de resultaten grondig worden geverifieerd, voor het geval dat. Beoordeeld door Andrea Matei, laatst bijgewerkt op 17 augustus 2014

Jmodeltest Gerelateerde software