Mercrate

Bereken relatieve evolutionaire tarief met behulp van deze tool.
Download nu

Mercrate Rangschikking & Samenvatting

Advertentie

  • Rating:
  • Vergunning:
  • Freeware
  • Naam uitgever:
  • Itay Mayrose
  • Besturingssystemen:
  • Windows All
  • Bestandsgrootte:
  • 411 KB

Mercrate Tags


Mercrate Beschrijving

De mate waarin een amino-zuursite vrij is om te variëren, is sterk afhankelijk van het structurele en functionele belang. Een aminozuur dat een essentiële rol speelt, zoals een binnen de actieve site van het eiwit, is onwaarschijnlijk dat het evolutionaire tijd kan veranderen. Daarom is het evolutionaire tarief bij een amino-zuursite indicatief voor hoe geconserveerd deze site, en op zijn beurt, het is mogelijk het belang van deze site te evalueren bij het handhaven van de structuur of functie van het eiwit. Mcrate is handig, eenvoudig te gebruiken hulpmiddel dat speciaal is ontworpen om het relatieve evolutionaire tarief op elke site te berekenen met behulp van een probabilistisch gebaseerd evolutionair model. Hierdoor kunnen rekening worden gehouden met het stochastische proces dat ten grondslag ligt aan de evolutie van sequentie in eiwitfamilies. Het belangrijkste is dat Mcrate Markov Chain Monte Carlo (MCMC) Methodologie gebruikt om te integreren over de ruimte van alle mogelijke bomen. Daarom neemt mcrate geen reeds bestaande fylogenetische boom aan waaronder de sequenties betrekking hebben. Mcrate bleek superieur te zijn over Na? VE-methoden die alleen op een enkele boom vertrouwen.


Mercrate Gerelateerde software