 | DensityfitTool om u te helpen met uw onderzoek |
| Download nu | |
Densityfit Rangschikking & Samenvatting
Advertentie
Densityfit Tags
Densityfit Beschrijving
Elektronenmicroscopie is een belangrijk hulpmiddel geworden in de structurele biologie. Veel eiwitten die niet kunnen worden gemaakt om te kristalliseren in een 3D-kristal geschikt voor röntgenkristallografie kunnen toch worden bestudeerd door elektronenmicroscopie, hetzij als enkele moleculen of in de vorm van 2D-kristallen. De resulterende structuren hebben echter een veel lagere resolutie. Met zeldzame uitzonderingen zijn de kaarten van de elektronendichtheid verkregen door elektronenmicroscopie niet voldoende om de structuur bij atomaire resolutie te identificeren. In sommige situaties is een atoomniveau-structuur van hetzelfde eiwit in een andere conformatie beschikbaar. DensityFit is een hulpmiddel dat is ontworpen om deze informatie te combineren met de structuur met een lage resolutie. Dit op python gebaseerde tool doet dat door de bekende atoomstructuur te vervormen om het in de kaart van de elektronendichtheid van de lage resolutie te laten passen. De flexibiliteit van het eiwit wordt beschreven door een elastisch netwerkmodel, waarvan de normale normale modi de toegestane vervormingen definiëren. Deze procedure garandeert dat de integriteit van het eiwit tijdens de vervorming wordt bewaard. In vergelijking met andere soortgelijke algoritmen die zijn gepubliceerd, heeft degene geïmplementeerd in DensityFit het voordeel van het zijn getest op echte experimentele gegevens voor een middelgrote eiwitten, CA-ATPase. Het algoritme en de toepassing ervan op CA-ATPase zijn beschreven in
Densityfit Gerelateerde software
