NATRIUM Natrium Het regelt ionen rond biologische macromoleculen.
Download nu

NATRIUM Rangschikking & Samenvatting

NATRIUM Tags

ionen arrangeur NATRIUM

NATRIUM Beschrijving

Natrium Het regelt ionen rond biologische macromoleculen. Dit programma plaatst het vereiste aantal natriumionen rond een systeem van elektrische kosten, bijvoorbeeld de atomen van een biologisch macromolecuul (eiwit, DNA, eiwit / DNA-complex). De ionen worden in de knooppunten van een kubieke raster geplaatst, waarin de Elektrostatische energie bereikt de kleinste waarden. De energie wordt opnieuw berekend na plaatsing van elk ion. Een eenvoudige Coulombic-formule wordt gebruikt voor de energie: Energie (R) = SUM (I_ATOMEN, IONS) Q_I / | R-R_I | Alle constanten worden uit deze formule afgezet, wat resulteert in sommige rare energie-eenheden; Dat maakt niet uit voor het doel van de energievergelijking. Om het programma-up te versnellen, worden de atomen van de macromolecule opnieuw gevestigd op de rasteknopen, het dichtst bij hun oorspronkelijke locaties. De resulterende fout wordt verondersteld minderjarig te zijn, vergeleken met dat die voortvloeit uit de plaatsing van één tegen-één ionen, of van het gebruik van de vereenvoudigde energiefunctie. De coördinaten van de geplaatste ionen worden afgedrukt in het PDB-indeling voor verder gebruik. Het wordt aanbevolen dat de geplaatste ionen worden geëquilibreerd in een afzonderlijke Monte Carlo- of moleculaire dynamieksimulatie. Triviale modificaties aan het programma moeten de plaatsing toestaan van elke combinatie van multivalente ionen van verschillende kosten.

NATRIUM Gerelateerde software