Rdkit Cheminformatics en Machine Learning Software
Download nu

Rdkit Rangschikking & Samenvatting

Rdkit Tags

aan het leren Python-bibliotheek machine machinaal leren Cheminformatics Learning Cheminformatica

Rdkit Beschrijving

Cheminformatica en Machine Learning Software RDKit is een Python-bibliotheek met datastructuren, algoritmen en scripts voor cheminformatics.General Molecular Functionaliteit Input / Output: glimlachen, mol, SDF, TDT cheminformatica: - Substructuur zoeken met SMARTS - Canonical Glimlachen - Chiraliteit ondersteuning - Eenvoudige serialisatie (molecule tekst) 2D-weergave (inclusief beperkte weergave) genereren van 2D -> 3D via afstandgeometrie UFF implementatie voor het opruimen van geometrieën Fingerprinting (Daglicht-achtig, MACCS keys, enz.) Similarity / diversiteit pickingGeneral Molecular functionaliteit, CNTD subgraaf / Fragment analyse Gasteiger kosten -Shape gebaseerde gelijkenis molecule-molecuul alignment Moleculaire transformaties (met behulp van SMARTS) Algemeen QSAR functionaliteit Moleculaire tem bibliotheek: - topologische (3, Balaban J, enz.) - Electrotopological staat (goed) - ClogP, MR - MOE als VSA descriptoren - anderen Leren: - Clustering - besluit van de bomen, naïeve Bayes *, KNN * * Functioneel, maar niet een geweldige uitvoering - Bagging, willekeurige bossen - Infrastructuur: gegevens splitsen schuifelen out-of-bag classificatie serializable modellen verrijking percelen, screening, etc.Command Line Gereedschap ML / BuildComposite.py: build modellen ML / ScreenComposite.py: screen modellen ML /EnrichPlot.py: het genereren van verrijking plot gegevens ML / AnalyzeComposite.py: analyseer modellen (tem levels) Chem / vingerafdrukken / FingerprintMols.py: het genereren van 2D-vingerafdrukken Chem / BuildFragmentCatalog.py: CASE-type analyse met een hiërarchische catalogus Requirements : · Python Wat is er nieuw in deze release: · De directorystructuur van de verdeling is gewijzigd om de installatie maken het RDKit python modules eenvoudiger. Met name de directory $ RDBASE / Python is hernoemd naar $ RDBASE / rdkit en de Python-code verwacht nu dat $ RDBASE in uw PYTHONPATH. Bij het importeren RDKit Python modules, moet men nu doen "van rdkit Chem import" in plaats van "import Chem". Oude code zal blijven werken als u ook $ RDBASE / rdkit toe te voegen aan uw PYTHONPATH, maar het is sterk aanbevolen dat u uw scripts te werken naar de nieuwe organisatie. · Voor C ++ programmeurs: Er is een niet-compatibel verandering in de manier atomen en bindingen zijn opgeslagen moleculen. Zie * Andere * sectie voor details. Dankwoord · Kirk DeLisle, Noel O'Boyle, Andrew Dalke, Peter Gedeck, Armin Widmer bugfixes · Onjuiste behandeling van 0s als ringsluiting cijfers (kwesties 2.525.792 en 2.690.982) · Onjuiste behandeling van atomen met expliciete Hs in reacties (nummer 2.540.021) · SmilesMolSupplier.GetItemText () crasht (issue 2.632.960) · Onjuiste behandeling van dot scheidingen in reactie SMARTS (nummer 2.690.530) · Bad lading lijnen in mol blokken voor grote moleculen (nummer 2.692.246) · Afhankelijkheid bestellen in AssignAtomChiralTagsFromStructure (nummer 2.705.543) · Afhankelijkheid bestellen in de 2D-farmacofoor code · De LayeredFingerprints nu handvat niet- aromatische enkelvoudige ring aromatische bindingen tussen atomen correct. nieuwe functies · BRICS implementatie · Morgan / circulaire vingerafdrukken implementatie · De 2D-farmacofoor code maakt nu gebruik van standaard RDKit FDEF bestanden. · Atom pariteit informatie in CTABs nu geschreven en gelezen. Indien op lezing atoom pariteit vlaggen worden in de atomaire eigenschap "molParity". · Een optionele "fromAtoms" argument is toegevoegd aan de atoomstellen en topologische torsie vingerafdrukken. Indien dit voorzien, maar atoomstellen inclusief het gespecificeerde atomen of torsies die beginnen of eindigen bij het gespecificeerde atomen, worden opgenomen in de vingerafdruk. · Kekulization is nu optioneel bij het genereren van CTABs. Aangezien de MDL spec suggereert dat aromatische bindingen niet worden gebruikt, is deze primair bedoeld voor foutopsporing. · De removeStereochemistry () (RemoveStereoChemistry () Python) functie toegevoegd alle stereochemische informatie van een molecuul te verwijderen. Ander · De qt3-gebaseerde GUI-functionaliteit in $ RDBASE / rdkit / qtGui en $ RDBASE / Projecten / SDView wordt afgeraden. Het moet nog steeds werken, maar het zal in een toekomstige versie worden verwijderd. Gelieve niet te bouwen niets nieuws op deze (zeer oude en de krakende) framework. · De functie DaylightFingerprintMol () is nu verouderd, gebruik RDKFingerprintMol () in plaats. · Voor C ++ -programmeurs: de Romol-methoden Getatompmap () en GetBondpmap () zijn verwijderd. De moleculen ondersteunen zelf nu een operator [] () -methode die kan worden gebruikt om grafische iterators (bijvoorbeeld Romol: Edge_iterator, Romol :: Vertex_iterator, Romol :: Adjacy_iterator) naar de overeenkomstige atomen en obligaties te converteren. Nieuwe API voor looping over de obligaties van een atoom: ... Molptr is een const romol * ... ... Atomptr is een const atoom * ... Romol :: oge_iter smeek, einde; boost :: tie (begin, einde) = molptr-> getatombonds (Atomptr); terwijl (begin! = einde) {const bond_sptr bond = (* molptr) ; ... doe iets met de band ... ++ BEG; } Nieuwe API voor looping over de atomen van een molecuul: ... Mol is een Romol ... Romol :: vertex_iter ABEBEGIN, ATB; Boost :: Tie (Atbegin, Atb) = Mol.Getvertices (); terwijl (ATBEGIN! = ATEND) {ATOM_SPTR AT2 = MOL ; ... doe iets met het atoom ... ++ ABGBEGIN; }

Rdkit Gerelateerde software