Varcan Variante detectie in massaal parallelle sequentiegegevens
Download nu

Varcan Rangschikking & Samenvatting

Varcan Tags

identificeren volgorde snurk Identificeer SNP Sample SEQEUENCER SNP-ID

Varcan Beschrijving

Variante detectie in massaal parallelle sequentiegegevens Varcan is een gratis en open source, platformonafhankelijke, technologie-onafhankelijke softwaretool voor het identificeren van SNP's en deals in massaal parallelle sequencing van individuele en gepoolde monsters. Gegeven gegevens voor een enkele steekproef, identificeert VarsScan en filteert kiemlijnvarianten op basis van leestellingen, basiskwaliteit en allelrefrequentie. Gegeven gegevens voor een tumor-normaal pair bepaalt VARSCAN ook de somatische status van elke variant (kiemlijn, somatisch of LOH) door het vergelijken van leestellingen tussen monsters. Hier zijn enkele belangrijke functies van "VeenScan": · Roept SNPS en Indels van Samtools Pileup-bestanden · Filtersvarianten per dekking, leesdiepte, variant frequentie en basiskwaliteit · Bepaalt somatische status (somatisch, kiemlijn, LOH) voor tumor-normale paren · Vergelijkt, samenvoegt en kruist twee lijsten met varianten · Limieten variant oproepen naar een reeks doelposities of doelregio's · Gratis voor niet-commercieel gebruik. Vereisten: · Java

Varcan Gerelateerde software