Meltsim

De DNA-smeltende simulator
Download nu

Meltsim Rangschikking & Samenvatting

Advertentie

  • Rating:
  • Vergunning:
  • GPL
  • Naam uitgever:
  • MeltSim Team
  • Besturingssystemen:
  • Windows All
  • Bestandsgrootte:
  • 510 KB

Meltsim Tags


Meltsim Beschrijving

Meltsim is een statistisch-mechanisch programma voor het berekenen van smeltende (denaturatie) curven (afgeleide profielen) en kaarten van DNA, van genen tot genomes. Het model is het eendimensionale rooster aan welke lus entropie is toegevoegd. Het oorspronkelijke algoritme is dat van Polen en Scheraga en Polen, met de fixman en frierere benadering van de lus entropie door een som van exponentialen. Parameters in het oorspronkelijke algoritme van Polen werden geëvalueerd door Blake en Delcourt en bieden bijna-kwantitatieve overeenkomst tussen waargenomen en berekende TM, amplitudes, breedte en overgangen die zijn verkregen onder evenwichtsomstandigheden. Het programma slaat de resultaten op van de bewerking in een logbestand waarmee u belangrijke informatie en bewerkingen kunt herzien. Belangrijkste kenmerken: Het invoer (volgorde) vereist geen speciaal formaat. Bases kunnen in hoofdletters en / of kleine letters zijn en er zijn geen lijnbrekes vereist. Alleen de letters A, C, G en T worden echter geteld als bases. Met de helpertoepassing genaamd Compile, specifieke sequentielocaties in Genbank-geformatteerde bestanden kunnen worden geconverteerd en gelezen door Meltsim 1.0 voor Windows. Een titel wordt automatisch toegevoegd aan de bovenkant van de grafiek als de eerste regel van het invoerbestand tekst bevat die begint met het pondbord (#). -bases worden normaal gesproken gelezen in blokken van 100.000 bp en de D (Theta) / DT (het eerste derivaat van het gedeelte dat niet, met de temperatuur) versus T-waarden wordt gemiddeld als meer bases worden gelezen. Het smeltkaartbestand geeft gegevens voor het allerlaatste blok gesmolten. Meltsim 1.0 voor Windows kan worden gericht op smelten in blokken gemarkeerd met een asterisk (*) in het invoerbestand. Het kan ook een deel van een sequentie lezen door de start- en stoplocaties te geven. Meerdere invoerbestanden kunnen sequentieel worden gesmolten door de asterisk-jokerteken (*) in de bestandsnaam te gebruiken. Met de automatische afdrukfunctie kan Meltsim 1.0 voor Windows worden overgelaten aan het werk op een willekeurig aantal bestanden, grafieken afdrukken zoals het gaat. Een uitvoerbestand wordt geproduceerd uit het smelten van Curve-coördinaten (D / DT als een functie van t). Een ander uitvoerbestand wordt geproduceerd uit het smelten van kaartcoördinaten (T en Theta als functies van de basispositie, gemiddeld over een domein van verstelbare maat). Vorige smelt kan worden gelezen in Meltsim 1.0 voor Windows, evenals elke XY-coördinatenbestand die u wilt gebruiken voor vergelijking of referentie. TM-waarden kunnen worden berekend op elke curve met behulp van een integratiefunctie. De waarde van TM wordt op de TM op de grafiek samen met een regel weergegeven. Curves en de smeltkaart kunnen op verschillende manieren worden geschaald en het venster laat zien hoe de grafiek eruit zal zien wanneer deze wordt afgedrukt.


Meltsim Gerelateerde software

Over ons