Byodyn Een integratief tool voor systemenbiologie.
Download nu

Byodyn Rangschikking & Samenvatting

Byodyn Tags

biologie Systems Biology bio-informatica computer geholpen instructie Cai

Byodyn Beschrijving

Een integratief hulpmiddel voor systeembiologie. Byodyn-software is een integratief tool voor systemenbiologie.Software-pakket voor de analyse van paratemerlandschappen in biologische netwerken.In Systems Biology Het wordt een routinematige taak om modellen van toenemende complexiteit op te bouwen op een bepaald biochemisch netwerk of route van interesse. Een van de belangrijkste problemen bij het bouwen van dergelijke modellen is de bepaling van de parameters die ten grondslag liggen aan elk gemodelleerd proces. Byodyn is ontworpen om een eenvoudig uitbreidbaar computationeel kader te verschaffen om parameters te schatten en analyseren van parameters in sterk niet-gecertificeerde modellen.byodyn bevat een reeks gereedschappen op 1) integratie van gewone differentiële vergelijkingen (Odes), inclusief systemen met evenementen, regels (differentiële algebraïsche vergelijkingen, DAE ) en vertragingen opgebouwd uit een bepaald biologisch model; 2) Optimaliseer de parameters die passen bij de verstrekte experimentele informatie en evalueren de gevoeligheid van het model met betrekking tot de verschillende parameters; en 3) omvatten de gevoeligheid van de parameters in een optimale experimentele ontwerppijplijn. Het programma maakt gebruik van externe software, die een Python-bindschema biedt waarmee de gebruiker eenvoudig nieuwe software kan implementeren in het gewenste berekeningsprotocol. Het programma profiteert van de interface met de SBML-bibliotheek, die ervoor zorgt dat communicatie met andere bestaande hulpmiddelen in het veld.byodyn (vrijgegeven onder de GPL) is een op Python gebaseerd programma gebouwd bovenop verschillende open source-bibliotheken, Port Fortran, Scipy en LibsBML, En het biedt eenvoudige bindmiddelen aan OpenModelica en Octave. Het programma is getest in Linux Fedora en in Mac OS X-platforms, die paralleliseerd zijn in een platform LSF-netomgeving en op een Slurm + Moab-planningssysteem. Byodyn-code en volledige documentatie is beschikbaar op http://cbbl.imim.es/byodyn. Wat is er nieuw in deze release: · De tabel over vereisten en capaciteiten Relatie (tabel 1) in de installatiemuide had enkele fouten. · Een bug opgelost in het script Create Documentation, werden referenties niet in aanmerking genomen. · Matplotlib-figuren tonen de legende uit het frame voor de duidelijkheid. · De resolutie van Matplotlib-cijfers is ingesteld op 1200 dpi waardoor ze te groot zijn. Standaardwaarde is 80 dpi die in plaats daarvan vanaf nu zal worden gebruikt. · Een nieuwe functionaliteit genaamd "Ranktargets" geïmplementeerd in Byodyn. Het evalueert het bedrag de identificatie die is gekoppeld aan elk doelpunt. · Figuren voor documentatie zijn nu in PNG-indeling om het formaat de map te verkleinen. · Nieuwe implementatie voor cijfers van optimaal experimentele ontwerp. De informatie van "Addnewpoint" is uitgezet als Spectra. · Optimale experimentele ontwerpresultaten worden getoond in logaritmische schaal. · Schaal als kleurvakken toegevoegd aan matrixplots. · Vaste bug over het vasthouden van grafieken na het opslaan van de matplotlib-figuren. · Kleurschaal toevoegen voor rang Target Optimale experimentele ontwerpgrafieken. · Vaste bug toen het de SBML opslaat met de optimalisatieresultaten.

Byodyn Gerelateerde software