Proteïneshop Proteinshop is een interactieve tool voor het manipuleren van eiwitstructuren.
Download nu

Proteïneshop Rangschikking & Samenvatting

Proteïneshop Tags

manipulatie eiwit interactieve tool bio-informatica Bio-Informatics-applicatie eiwit manipulator

Proteïneshop Beschrijving

Proteinshop is een interactieve tool voor het manipuleren van eiwitstructuren. Proteinshop is een interactieve tool voor het manipuleren van eiwitstructuren. Het is ontworpen om snel een reeks eiwitconfiguraties te creëren met behulp van menselijke kennis en intuïtie. Deze configuraties kunnen worden onderworpen aan lokale of wereldwijde optimalisatie. Hoewel Proteinshop zelf het wereldwijde optimalisatieproces zelf uitoefent, biedt het een raamwerk dat kan worden gebruikt om te communiceren met een wereldwijd optimalisatieproces dat op een externe machine kan worden uitgevoerd. PRIEDInShop presenteert drie niveaus van functionaliteitLevel I: een 3D-eiwitstructuur weergeven · Maken Een 3D-eiwit "van nul", dat wil zeggen één aminozuur per keer, van een aminozuursequentie en secundaire structuurvoorspellingen. · Laad een 3D-eiwitstructuur uit een PDB-bestand. · Zorg voor standaard visualisatietechnieken zoals Atom Sphere, Bond Stick en cartoon rendering.level II: interactieve manipulatie van de 3D-eiwitstructuur door het veranderen van dihedrale hoeken langs zijn ruggengraat · Manual secundaire structuuruitlijning door geselecteerde secundaire structuren (alfa-helices en bèta-strengen) te slepen. · Verander de vorm van bèta-strengen Door het verdraaien, curling en plooien toe te staan. · Vorm parallelle / antiparallel-bèta-vellen automatisch. · Sla / laadfragmenten van het eiwit op voor hergebruik in andere configuratie s. · Help secundaire structuren uit te lijnen om tertiaire structuren te vormen door visualisatiegidsen en markeringen te bieden, zoals weergave van waterstofbinding en atoombotsing visualisatie. · Secundaire structuurtypen wijzigen voor geselecteerde aminozuren "on-the-fly" om te experimenteren met zwak of tegenstrijdig secundair Structuurvoorspellingen. · Evalueer de energie van een 3D-eiwitstructuur met extern verstrekte energie-berekeningscode. · Visualiseer berekende energie. Level III: Monitor / stuur een (afstandsbediening) Global Optimalisatieproces · Verbinding maken met / loskoppelen van een wereldwijd optimalisatieproces. · Downloaden Kandidaat-configuraties van een optimalisatieproces. · Upload gemanipuleerde configuraties op het optimalisatieproces. · Monitor optimalisatieproces door de hele boom van configuraties te downloaden. Er zijn enkele belangrijke kenmerken van "Proteinshop": · Het helpt onderzoekers automatisch tertiaire structuren te genereren met voorspellingen Verkrijgbaar bij voorspellingsservers toegankelijk via internet. · Het E Nabels Wetenschappers om hun biochemische kennis en intuïtie toe te passen tijdens interactieve manipulatie van eiwitstructuren. · Het biedt visualisatie van vrije energie die wordt berekend tijdens het modelleren om vergelijking en analyse van alternatieve structuren te vergemakkelijken. · Het versnelt de ontdekking van low-energy-configuraties door lokale optimalisaties te versnellen Door de gebruiker geselecteerde eiwitstructuren. · Het creëert automatisch een verscheidenheid aan bèta-configuraties op basis van waarschijnlijkheden voor bèta-vel topologieën en bijpassende uitlijningen. REQUIRINGEN: · OpenGL of GL voor 3D-rendering · Fltk voor GUI · Amber voor energie ComputationInstallatie: Gebruik standaard makeFiles opgenomen in de SRC-directory. Ga naar de map "SRC" en typ vervolgens 'Make' om Proteinshop te bouwen. *** FLTK-instelling in de Makefilethe-compiler verwacht dat bestanden onder de $ (FLTK_BASE) / $ (INCDIR), bibliotheken onder de $ (FLTK_BASE) / $ (Libdir), en alle benodigde build-gereedschappen onder (FLTK_BASE) / $ (BINDIR). Als u een andere installatie hebt, moet u de compiler-vlaggen hieronder bewerken. FLTK_BASE = / USR / LOCYON Sommige installaties, FLTK OpenGL-functies zijn in een separatelibrary, libfltk_gl. Als de linker klaagt over undefininedsymbols, probeer dan -lfltk_gl aan de onderstaande lijn vóór -lfltk.fltk_libs = -L $ (Fltk_base) / $ (libdir) -lfltk_gl -lfltk

Proteïneshop Gerelateerde software