Hapcluster ++ HAPCLUSTER ++ is een softwarepakket voor koppelingsongevolkingsmapping met behulp van coalescente theorie.
Download nu

Hapcluster ++ Rangschikking & Samenvatting

Hapcluster ++ Tags

Koppeling C ++ implementatie bindingsonbalans Gene Mapper Hapcluster ++ onevenwichtigheid

Hapcluster ++ Beschrijving

HAPCluster ++ is een softwarepakket voor koppelingsongevolkingsmapping met behulp van coalescente theorie. HAPCLUSTER ++ is een softwarepakket voor het koppelen van onevenwichtingsmapping met behulp van coalescente theory.hapcluster ++ is gebaseerd op een Bayesiaanse Markov-keten Monte Carlo (MCMC) -methode voor fine-schaal-koppeling-onevenwichtingsgenmapping met behulp van hoge dichtheid markeringen. Hapcluster ++ is een C ++ implementatie van High Density ++ De werkwijze beschreven in het onderstaande papier (de oorspronkelijke implementatie was in R) .Installatie: HAPCluster ++ is geschreven in C ++ en is verkrijgbaar als broncode (onder de GNU-generaal Public License, GPL) en als binaire versies als Linux RPM-bestanden. De broncode is met succes gecompileerd op verschillende Linux- en UNIX-systemen. Omdat ik slechts beperkte toegang heb tot andere architecturen dan Linux, is het niet mogelijk om binaire distributies voor andere platforms te maken, maar als iemand bereid is om de distributies te bouwen, zal ik ze meer dan blij zijn om ze op deze site te brengen. De bronbestanden, eerste uncompress en Untar het bestand, vervolgens 'configureren' en eindelijk 'maken'. Om te testen dat de build succesvol was, voert u 'Make Check' uit. Om het programma te installeren, voert u 'Make Install' uit. $ TAR ZXF HAPCluster-Version.tar.gz $ CD HAPCluster-versie $ ./Configure $ MAKET $ CONTROLE $ MAKE INSTALLATION: HAPCluster ++ wordt gestart op de opdrachtregel, zoals invoert een bestand met markerposities en een bestand met gefaseerde haplotypes : $ HAPCLUSTERSPOSS.TXT HAPLOTYPES.TXT Het formaat van het HAPLOTYPE-bestand is: één regel per haplotype, waarbij een haplotype wordt weergegeven als een lijst met ruimte-gescheiden allelen, en elk allel vertegenwoordigd als een '0' of een '1 '. De haplotypes worden genomen als paarswise genotypen, dus voor zelfs nummers j de lijnen J en J + 1 worden genomen als de haplotypes voor individuele J / 2. De eerste kolom is een 'pseudo'-allel die wordt gebruikt voor de behuizing / controled dichotomie: een' 0 'in de eerste kolom wordt genomen om te betekenen dat het haplotype een besturingshaplotype is en een' 1 'bij de eerste kolom wordt meegenomen dat het haplotype een geval is haplotype. Wanneer het programma wordt uitgevoerd, voert het programma monsters uit van de achterste dichtheid van ziektesloci. Deze monsters kunnen vervolgens worden geanalyseerd in andere softwarepakketten, zoals b.v. R. Standaard worden monsters van de ziekte-locus geschreven naar standaard, maar dit kan worden gewijzigd in een bestand met behulp van de optie -o - dit wordt met name aanbevolen bij het uitvoeren van hapcluster in de uitgebreide modus (optie -v). Voer HAPCLUSTER --HELP uit om een volledige lijst met opdrachtregelopties te krijgen die door HAPCluster worden geaccepteerd. Wat is er nieuw in deze release: · Deze versie is een poort naar het SNPFILE-versie 2.0-formaat.

Hapcluster ++ Gerelateerde software