Indelextractor Indelextractor is een applicatie die verschillende uitlijnmaskers genereert in aanvulling op het masker van een Indel.
Download nu

Indelextractor Rangschikking & Samenvatting

Indelextractor Tags

uitlijning reeks indel-extractor indel uitlijning alignment masker indel

Indelextractor Beschrijving

Indelextractor is een applicatie die verschillende uitlijnmaskers genereert in aanvulling op het masker van een Indel. Een moleculaire uitlijning van de sequentie is de basis van moleculaire fylogenetische analyse, maar is vaak een van de minst overwogen aspecten. Uitlijningen bevatten vaak posities die moeilijk uitlijnen (dwz Indel-regio's) die kunnen worden "bewerkt in oog" of verwijderd vóór de analyse.indelextractor is een GUI- en opdrachtregeloepassing die in PERL wordt geschreven die naast een aanvulling op een andere uitlijningsmaskers genereert Het masker van Indel voor gemakkelijke identificatie en verwijdering van Indels en hun omliggende ambigue uitlijning. De uitlijnmaskers worden gebruikt om 'gemaskeerde' en / of 'ontmaskerde' posities van een uitlijning op te slaan op veel verschillende bestandsindelingen.indelextractor maakt gebruik van de kracht van Bioperl voor het verwerken van vele reeks- en uitlijningang- / uitvoerbestandsindelingen en voor algemene reekshandeling en manipulatie . Als gevolg van de krachtige bestandsindeling van de indelextractor; U kunt het gewoon gebruiken voor reeks en uitlijningsbestandsformaat Conversies! Hier zijn enkele belangrijke functies van "Indelextractor": · Input / output-indelingen · Indelextractor maakt gebruik van de kracht van Bioperl voor het omgaan met veel reeks en uitlijning / uitgangsformaten en voor algemene volgorde Handling en manipulatie. Daarom worden veel sequentie- en uitlijningsbestandsindelingen ondersteund en worden ze herkend door bestandsextensies. Bestanden moeten een compatibele bestandsextensie hebben om de indelextractor nauwkeurig het juiste bestandsformaat te bepalen. · Uitlijnmaskers · Indelextractor werd in eerste instantie ontwikkeld om de taak van Indel-identificatie en verwijdering te automatiseren. Hiervoor is het INDEL-masker ontwikkeld, waarbij elke positie in de uitlijning werd bestriegen door een personage in een consensusstijlsequentie om posities te identificeren die een deel van een Indel (gemaskeerde regio's) en die niet (ontmaskerde regio's) vormden. Echter, extra maskers zijn nu beschikbaar: onveranderlijke, variabele en consensusmaskers. Zodra een masker is gegenereerd, kan het worden gebruikt om subuitlijningen (gemaskeerde / ontmaskerde posities) op te slaan, of als aanvullende informatie in de meer informatie Rijke uitlijningsindelingen (bijvoorbeeld NEXUS) bij het opslaan van de volledige uitlijning in het bestand. · Auxiliary-functies · De feature-set van de indelextractor is uitgebreid tot uitlijning van sequenties met behulp van clustalw die van binnen de indelextractor moet worden uitgevoerd en de mogelijkheid om sequenties tegen de NCBI-databases te vergroten; Opties voor beide beschikbaar zijn via de voorkeuren van de indelextractor.

Indelextractor Gerelateerde software