Lutefiskxp LUTEFISKXP is een ANSI C-compatibele software die wordt gebruikt om de nieuwe peptide-sequencing uit te voeren van Tandem Mass Spectra.
Download nu

Lutefiskxp Rangschikking & Samenvatting

Lutefiskxp Tags

peptide peptide sequencing Tandem Mass Spectra volgorde aanbrengen in tandem-

Lutefiskxp Beschrijving

LUTEFISKXP is een ANSI C-compatibele software die wordt gebruikt om de nieuwe peptide-sequencing uit te voeren van Tandem Mass Spectra. LUTEFISKXP is een ANSI C-compatibele software die wordt gebruikt om de nieuwe peptide-sequencing uit te voeren van Tandem Mass Spectra. Lutefisk is software voor de Interpretatie van de Novo van Peptide CID-spectra. Hoogwaardige tandemmassaspectra van peptiden wordt vaak verkregen waarvoor geen exacte database-overeenkomst kan worden gemaakt. Vervolgens worden we geconfronteerd met de vraag of het eiwit onder onderzoek nieuw is, of als de niet-matchende spectra te wijten zijn aan minder opwindende vooruitzichten zoals intercies variatie, databasesequentiefouten of onverwachte proteolytische splitsingen. Om te beginnen met het aanpakken van dit probleem, voeren wij een Novo-interpretatie van de CID-spectra uit met behulp van het computerprogramma LUTEFISK; Eigen, eventuele interpretaties leveren echter bijna altijd meerdere sequentie-kandidaten op, waar het vaak moeilijk of onmogelijk is om de juiste volgorde van de onjuiste onderscheid te maken. De variaties tussen kandidatensequenties zijn vaak minder belangrijk en omvatten typisch dipeptide-inversies, het ruilen van dipeptiden van dezelfde massa , vervangingen van dipeptiden met enkele aminozuren van dezelfde massa, en vervangingen van aminozuren door dipeptiden van dezelfde massa. We gebruiken de meervoudige sequentiekandidaten die door Lutefisk worden geproduceerd als querysequenties in een tweede programma, Cididify. Cidentify is een versie van Bill Pearson's FASTA-algoritme die is aangepast door Alex Taylor om tegemoet te komen aan mevrouw Nuances, zoals meerdere querysequenties, dubbelzinnige dipeptiden en isobaric massalequivalenties.compiling op UnixaTer Uptarring the Archive, kopieer de makefile voor uw systeem naar "MAKEFILE". Gebruik de opdracht "Maak Lutefisk ".usage: lutefisk -O = Outputbestand PAPNAME -Q = stille modus op (standaard uit) -M = Precursor ion Mass -D = Details Bestand Pathname -P = Params File Pathname -R = Residuen File Pathname -S = Pathnane of File met databasesequenties om -v = uitgebreide modus op (standaard uit) -H = Print dit Help TextWat nieuw in deze release: · Bijgewerkte makefile

Lutefiskxp Gerelateerde software