Qtl reaper QTL Reaper is software voor het snel scannen van microarray-expressiegegevens voor qtls.
Download nu

Qtl reaper Rangschikking & Samenvatting

Qtl reaper Tags

bioinformatica MicroArray Qtl calculator microarray scanner Bioinformatics-applicatie Qtl

Qtl reaper Beschrijving

QTL Reaper is software voor het snel scannen van microarray-expressiegegevens voor qtls. QTL Reaper is software, geschreven in C en gecompileerd als een Python-module, voor snel scannen van microarray-expressiegegevens voor qtls. Het is in wezen de batch-georiënteerde versie van WebQTL. Het vereist, als input, expressiegegevens van leden van een reeks recombinante inteeltlijnen en genotype-informatie voor dezelfde lijnen. Het zoekt naar een associatie tussen elke uitdrukkingskenmerken en alle genotypen en evalueert die associatie door een permutatietest. Voor de permutatietest uitvoert het alleen zoveel permutaties als nodig om de empirische P-waarde te definiëren in een redelijke precisie. Het voert ook bootstrap-resampling uit om het vertrouwensregio te schatten voor de locatie van een vermeende qtl. Vereisten: · Python · Blas Bibliotheek · Lapack BibliotheekInstallatie: eerste gunzip en Untar het pakketbestand. Voer de QTLREAPIADIADTO INSTELLIJKE QTLREEAPER MODULE, UITVOEREN: Python Setup.py Build U kunt ook het SetUp.py-script wijzigen als uw systeem geen BLAS- en Lapack-bibliotheek heeft geïnstalleerd en die in dit pakket zijn opgenomen. Om qtlreaper te gebruiken. Module, Execute: Python Setup.py Installeer wat nieuw is in deze release: · Verhoog de maximale locus in één enkel chromosoom van 200 tot 500 · Nieuwe code om ontbrekende markers te berekenen

Qtl reaper Gerelateerde software