Systems Biology Workbench Systems Biology Workbench (SBW) is een eenvoudig raamwerk voor applicatie-intercommunicaties.
Download nu

Systems Biology Workbench Rangschikking & Samenvatting

Systems Biology Workbench Tags

sollicitatie biologie biologie werkbank bio-informatica framework intercommunicaties

Systems Biology Workbench Beschrijving

Systems Biology Workbench (SBW) is een eenvoudig raamwerk voor applicatie-intercommunicaties. Systems Biology Workbench (SBW) is een eenvoudig raamwerk voor applicatie-intercommunicaties. Het project maakt gebruik van een op basis gebaseerde, gedistribueerde, berichten-passerende architectuur, ondersteunt vele talen, waaronder Java, C, Perl en Python, en draait onder Linux, OSX en Win32.Wat is SBWRESEARCHERS in kwantitatieve systeembiologie gebruik van een groot aantal Verschillende softwarepakketten voor modellering, analyse, visualisatie en algemene gegevensmanipulatie. De System Biology Workbench (SBW), is een softwarekader waarmee heterogene toepassingscomponenten in diverse programmeertalen worden geschreven en op verschillende platforms worden uitgevoerd, om te communiceren en de mogelijkheden van elkaars andere te communiceren via een snel binair gecodeerd systeem. Ons doel was om een eenvoudige, hoge prestaties, open software-infrastructuur te creëren die gemakkelijk te implementeren en te begrijpen is. SBW maakt toepassingen mogelijk (mogelijk uitgevoerd op afzonderlijke, gedistribueerde computers) om te communiceren via een eenvoudig netwerkprotocol. De interfaces met het systeem zijn ingekapseld in client-side-bibliotheken die we bieden voor verschillende programmeertalen.at de laatste telling, er waren meer dan 75 verschillende pakketten voor het simuleren van cellulaire netwerken (zie www.sbml.org). Deze proliferatie van hulpmiddelen heeft geresulteerd in een verscheidenheid aan mogelijkheden en interfaces. Hoewel welkom in veel opzichten heeft deze proliferatie geresulteerd in twee ongewenste bijwerkingen: 1. Elke tool gebruikt zijn eigen formaat, vaak ongedocumenteerd, om modellen op te slaan. Het resultaat is dat een model dat is opgeslagen in één gereedschap niet in een andere kan worden geladen. Dit belemmert duidelijk de vrije uitwisseling van modellen van het ene tool naar de andere.2. Het tweede probleem is dat veel van de gereedschappen elkaars capaciteiten dupliceren. Het schrijven van simulatiehulpmiddelen kost tijd, en veel van de projecten zijn kortleven, wat betekent dat de auteurs niet verreweg de tools kunnen ontwikkelen. Dientengevolge bieden veel van de gereedschappen vergelijkbare functionaliteit. In tegenstelling tot andere software-ontwikkelingsgemeenschappen, is er weinig traditie van codehergebruik in de systeembiologiegemeenschap. Dientengevolge heeft de Gemeenschap veel gedupliceerde inspanning gezien. Model de eerste probleem, die van modeluitwisseling, is aangepakt door een standaardformaat in te voeren voor alle gereedschapsschrijvers om in dienst te zijn. Deze standaard wordt System Biology Markup Language (SBML) genoemd, samen met Cellml (www.cellml.org), de introductie van een standaardformaat begint een aanzienlijke impact op gereedschapsschrijvers te maken, en de meerderheid van de meest gebruikte hulpmiddelen gebruiken nu SBML Als middel om modellen uit te wisselen. CODE Hergebruik Het tweede probleem is moeilijker om aan te pakken, dat is hoe u codehergebruik in de Gemeenschap bevordert. Onze poging om dit op te lossen is geweest om een softwarekader te ontwikkelen dat de werkbank van de systeembiologie wordt genoemd. Met de werkbank kunnen verschillende hulpmiddelen programmatische functionaliteit blootstellen aan andere tools. Dit betekent dat een ontwikkelaar nu kan voortbouwen op het vorige werk zonder in detail te hoeven begrijpen de vaak ingewikkelde interne werking van andere hulpmiddelen. Alle ontwikkelaar HEEFT WETEN is het interface dat de tool wordt blootgelegd. Aldus kan een bepaald gereedschap een tijdafhankelijke simulatie-interface van een simulatietool blootstellen, een andere gereedschapsontwikkelaar - in plaats van een andere simulatietool uit te laten - kan deze mogelijkheid exploiteren en een nieuwe tool ontwikkelen die extra functies kan uitvoeren. De werklast voor de tweede ontwikkelaar is sterk verminderd, en ze kunnen zich in plaats daarvan concentreren op nieuwe functionaliteit. Dit werk wordt momenteel ondersteund door de genereuze steun van DARPA en de DOE.

Systems Biology Workbench Gerelateerde software