simbio SIMBIO is een Java-pakket om biologische modellen voor bioloog en anderen te maken.
Download nu

simbio Rangschikking & Samenvatting

simbio Tags

java-toepassing Cel modellering biologisch model Hartcel Hart

simbio Beschrijving

Simbio is een Java-pakket om biologische modellen voor bioloog en anderen te maken. Simbio is een Java-pakket om biologische modellen voor bioloog en anderen te maken. Cardiale celmodellen zijn beschikbaar.Simbio is een simulator voor biologische systemen zoals hartcellen, epitheelcellen en pancreas -cellen. Simbio is in Java geschreven, gebruikt XML en kan gewone differentiaalvergelijkingen oplossen. In het gebied van medische biologie zijn uitgebreide onderzoeksresultaten met betrekking tot moleculaire en cellulaire niveaufuncties opgebouwd, maar de mechanismen van deze complexe celfuncties kunnen niet kwantitatief worden uitgelegd. Vanwege dit feit is een kwantitatief dynamisch model dat experimentele gegevens kan integreren en biologische mechanismen op computers reproduceren belangrijk. We hebben Simbio ontwikkeld om een hulpmiddel te hebben voor een eenvoudige creatie van celmodellen die objectgeoriënteerde principes gebruiken. In Simbio worden wiskundige modellen zoals een myocytmodel dat wordt beschreven met behulp van gewone differentiële vergelijkingen in functie-elementen zoals ionkanalen en variabelen zoals ionconcentraties. Op deze nieuwe manier om celmodellen te ontwikkelen, zijn functielementen even onafhankelijk en kunnen ze worden gegroepeerd volgens biologische classificaties. Bovendien kunnen de correlaties van variabelen en functie-elementen worden omschreven als een grafiek. Het doel is een hulpmiddel waarmee verschillende cellulaire functies en mechanismen op basis van de experimentele resultaten gemakkelijk kunnen worden gecombineerd met een complexere cellulaire structuur of zelfs een hele cel die geschikt is voor het verkennen van nieuwe hypotheses.Simbio is een hulpmiddel om het gemakkelijker te maken Modellen voor celorganismen en voor het bevorderen van het delen / hergebruik van modellen. Het geeft de nodige functies om modellen te maken die gewone differentiële vergelijkingen en wiskundige modellen gebruiken, de integrale berekening doen, resultaatgrafieken weergeven, resultaten uitpakken naar bestanden, parameters wijzigen en berekeningen doen. De structuur van Simbio is verdeeld in 3 hoofdelementen. De eerste beschrijft berekeningen van wiskundige modellen met Java. De tweede beschrijft de initiële waarden van parameters en de structuur van wiskundige modellen met XML-bestanden. De derde lost initiële waardeproblemen van gewone differentiële vergelijkingen met een integratiemotor. Vereisten: · JDK 1.4 of hoger · Log4j · Xalan versie 2.7.0

simbio Gerelateerde software